ขบวนการแนวร่วมมลายู (Pan Malayan Movement) ได้งอกเงยเพื่อสนับสนุน ความรู้สึกชาตินิยม ในหมู่ประชาชนเชื้อชาติมลายู ภายใต้การปกครองของอาณานิคม ท่ามกลางการกระจายความ
รู้สึกชาตินิยม ผู้นำของมลายูมุสลิมภาคใต้ของไทย ก็ได้รับการสนับสนุนเช่นกัน

Tengku Mahmud Mahyideen ได้ออกจากประเทศไทย ไปจัดตั้งกลุ่มขบวนการเพื่อปลดปล่อยปัตตานี เมื่อ Tengku Mahmud Mahyideen และพระสหาย และบรรดาชนชั้นสูงจากภูมิภาคปัตตานี ไปถึงมลายาของอังกฤษ พ.ศ. 2482 สงครามโลกครั้งที่สองก็ได้เริ่มระเบิดขึ้น

ทางด้านประเทศไทย หลวงพิบูลสงคราม ได้นำกองทัพไทย เข้าร่วมเป็นพันธมิตรกับญี่ปุ่น แต่ชาวมลายูมุสลิมในภาคใต้ได้ร่วมมือกับอังกฤษ โดยตั้งความหวังว่า กองกำลังของมหาอำนาจเจ้าอาณานิคม จะให้ความช่วยเหลือการต่อสู้เพื่อปลดปล่อยปัตตานีเป็นเอกราช หลังจากสงครามยุติลง (Pridi Phanomyong,1974,11) การมีส่วนช่วยเหลือและเสียสละของชาวมลายูปัตตานี ที่ได้ให้แก่ฝ่ายพันธมิตร จนได้รับชัยชนะ โดยตั้งความหวังว่า จะเป็นการแลกเปลี่ยนประโยชน์กัน ในรูปแบบให้การสนับสนุนทางการเมือง แก่ชาวมลายูมุสลิม คือช่วยทบทวนความสัมพันธ์ของเขากับรัฐบาลไทย ในที่สุด การเสียสละของชาวมลายูมุสลิมปัตตานี ต้องพบกับความผิดหวัง

ต่อมารัฐบาลไทยภายใต้การปกครองของ สฤษดิ์ ธนรัชต์ ได้ดำเนินนโยบายผสมกลมกลืนทางวัฒน
ธรรมต่อไปอีก มีการออกกฎหมายบังคับให้ สถาบันการศึกษาปอเนาะ จดทะเบียนกับกระทรวง
ศึกษาธิการ และแปรสภาพเป็นโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม กำหนดหลักสูตรการเรียนต้องเป็นสากล ภาษาไทยต้องเป็นภาษากลางในการเรียนการสอน

เอกสารตำราถ้าไม่ได้รับอนุญาตจากกระทรวงศึกษาธิการ ถือว่าเอกสารหรือตำรานั้นผิดกฎหมาย ภาษามลายูเคยมีการสอนในโรงเรียนรัฐบาลก็ยกเลิกไป มีโครงการสร้างดุลย์แห่งประชากร โดยมีการอพยพคนไทยจากภาคตะวันออกเฉียงเหนือ มาสร้างนิคมพึ่งตนเอง ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ในขณะที่ชาวมลายูมุสลิมในพื้นที่ ไม่มีที่ทำกิน กลับไม่ได้รับการจัดสรรที่ดินให้

ต่อมาในยุคของจอมพลถนอม กิติขจร นโยบายของรัฐบาลที่มีต่อจังหวัดชายแดนภาคใต้ ก็ไม่ได้เปลี่ยนแปลงอะไรมาก การกดขี่ กดดัน เลือกปฏิบัติยังคงมีอย่างต่อเนื่อง การฆ่าประชาชน ไม่ผ่านกระบวนการยุติธรรม เกิดอยู่เสมอมา

ฉะนั้น การต่อสู้ของชาวมลายูมุสลิม ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ได้เปลี่ยนรูปแบบเป็นการก่อการร้าย เพราะไม่สามารถสู้อย่างตรงไปตรงมา ในทางการเมือง นับตั้งแต่หลังสงครามโลกครั้งที่สองสิ้นสุดลง ขบวนการแบ่งแยกดินแดนปัตตานี ได้พัฒนาไปสู่ขบวนการก่อการร้าย และมีกลุ่มต่าง ๆ มากมาย

ข้อที่น่าสังเกตเกี่ยวกับการต่อสู้ ของขบวนการแบ่งแยกดินแดน และกลุ่มขบวนการก่อการร้าย ได้เริ่มมาจากชนชั้นนำทางการเมืองของชาวมลายูมุสลิม และผู้นำศาสนาร่วมมือกัน เหตุผลสำคัญก็คือ ชนชั้นนำทางการเมืองมาจากเจ้าเมืองเก่า ผู้สูญเสียอำนาจ ส่วนผู้นำศาสนา เป็นผู้มีอิทธิพลต่อประชาชน ในฐานะผู้ให้ความรู้ทางศาสนาแก่ประชาชน พูดง่าย ๆ ก็คือ เป็นผู้ที่มีมวลชนอยู่ข้างหลัง คือบรรดาลูกศิษย์ และผู้มีศรัทธาต่อผู้นำศาสนา

แน่นอน การต่อสู้ของชาวมลายูมุสลิมปัตตานี เพื่อแบ่งแยกดินแดน มิได้ต่อสู้อย่างโดดเดี่ยว เพราะความสัมพันธ์ของภูมิภาคปัตตานีกับรัฐตอนเหนือของประเทศมาเลเซีย มีความผูกพันอย่างใกล้ชิดในฐานะเพื่อนร่วมศาสนา ภาษาและวัฒนธรรมเดียวกัน

ยิ่งกว่านั้นสายสัมพันธ์ระหว่างราชวงศ์ทั้งสองฝ่าย มีความผูกผันที่ไม่สามารถแยกกันได้ เพราะ
ฉะนั้น บางครั้งเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น ในจังหวัดชายแดนภาคใต้แต่ก็ได้รับความเห็นอกเห็นใจ จากเพื่อนที่อยู่อีกฝั่งหนึ่ง นำไปสู่ความระแวงของรัฐบาลไทย และมาเลเซีย ซึ่งกันและกันอย่างหลีก
เลี่ยงไม่ได้ ลำดับต่อไปจะขอกล่าวถึงกลุ่มขบวนการแบ่งแยกดินแดน และขบวนการก่อการร้าย ที่เคลื่อนไหวอยู่ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ของไทย ดังต่อไปนี้

ประชาไทรายงาน