ช่องแคบมะละกา เป็นเส้นทางเดินเรือที่หนาแน่นที่สุดในโลก มีเรือสินค้าใช้เส้นทางนี้จำนวนปีละประมาณ 50,000 ลำ หรือเท่ากับ 1 ใน 3 ของจำนวนเรือเดินสมุทรที่มีอยู่ในโลก ครึ่งหนึ่งของเรือที่ผ่านช่องแคบดังกล่าวเป็นเรือขนส่งน้ำมัน

ในทางกลับกัน ช่องแคบมะละกาก็จัดเป็นเส้นทางเดินเรือที่ชุกชุมไปด้วยโจรสลัด และมีสถิติว่าเรือเดินสมุทรที่ใช้เส้นทางดังกล่าวจะถูกโจมตีโดยกลุ่มโจรสลัดเพิ่มมากขึ้นถึง 33 เปอร์เซ็นต์ในปีที่ผ่านมา

รายงานประจำปีของศูนย์รายงานเหตุโจรสลัด ของสำนักงานเดินเรือทะเลระหว่างประเทศ (ไอเอ็มบี) ในกรุงกัวลาลัมเปอร์ ประเทศมาเลเซียระบุว่าในปี 2547 การปล้นสะดมในช่องแคบมะละกามีถึง 20 ครั้ง เพิ่มขึ้นจาก 15 ครั้งเมื่อปีที่2546 มีผู้ถูกจับเป็นตัวประกัน 30 คน ถูกฆ่าไป 4 คน

รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม มาเลเซียกล่าวว่าว่ารัฐบาลมาเลเซียจะปฏิบัติการใกล้ชิดกับสหรัฐมากขึ้นเพื่อกวาดล้างโจรสลัดแถบช่องแคบมะละกา เช่นเดียวกันกับท่าทีจากมาเลเซีย อินโดนีเซีย และสิงคโปร์

อย่างไรก็ตาม มาเลเซียยืนยันว่า ทหารสหรัฐจะไม่ได้รับอนุญาตให้เข้าร่วมปฏิบัติการ ในช่องแคบมะลากาเพื่อการปราบปรามในน่านน้ำของประเทศในภูมิภาค เนื่องจากอาจก่อให้เกิดความไม่พอใจในหมู่ชาวมุสลิมพร้อมกับการยืนยันว่า โจรสลัดมะละกา ไม่มีความเกี่ยวข้องกับการก่อการร้าย อย่างไรก็ตามมาเลเซียจะให้ความร่วมมือกับสหรัฐอย่างเต็มที่ในการปราบปรามการก่อการร้าย

การยืนยันของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ประเทศมาเลเซีย เป็นการฉายภาพความสัมพันธ์เกี่ยวกับการก่อการร้ายระหว่างภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้กับสหรัฐอเมริการหลังเหตุการณ์กรือเซะของประเทศไทยไม่ถึง 2 เดือน

23 มิถุนายน 2547 โทมัส ฟาร์โก ผู้บัญชาการ กองทัพเรือสหรัฐ ประจำภูมิภาคเอเชียแปซิฟิก กล่าวว่า หน่วยข่าวกรองสหรัฐไม่พบหลักฐานว่ากลุ่มโจรสลัดในน่านน้ำของช่องแคบมะละกามีส่วนเกี่ยวข้องกับกลุ่มก่อการร้ายในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ โดยเฉพาะอย่างยิ่งกลุ่มก่อการร้าย เจมาห์ อิสลามิยาห์ (เจไอ)

ภายหลังเหตุการณ์ซึนามิ เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 2547 หลายฝ่ายมีความหวังว่า กองโจรสลัดแถบช่องแคบมะละกาจะถูกทำลายลงโดยคลื่นยักษ์ในคราวนั้น ทว่า ให้หลังเหตุซึนามิประมาณ 2 เดือน โจรสลัดมะละกากลับมาอีกครั้ง เริ่มจากวันที่ 2 มีนาคม โดยการไล่ยิงเรือ "ไฮไลน์ 26" ของบริษัทด้านชิปปิ้ง ในรัฐซาราวัก ประเทศมาเลเซียพร้อมลักพาตัวกัปตันและต้นเรือ

จุดเกิดเหตุอยู่ห่างจากชายฝั่งเกาะปีนัง ประเทศมาเลเซียประมาณ 50 ไมล์ทะเล ขณะที่เกิดเรือลำดังกล่าวกำลังปฏิบัติการลากจูงเรือขนถ่านหินเพื่อมุ่งหน้าไปสู่เมืองลูมุต รัฐเประ ทางตอนเหนือของประเทศมาเลเซีย

ผู้อยู่ในเหตุการณ์ระบุว่า ขณะเกิดเหตุ มีลูกเรืออยู่บนเรือทั้งหมด 9 คนโจรสลัดได้บุกโจมตีเรือด้วยวิธีการคล้ายกับการปฏิบัติการของกลุ่มโจรสลัดก่อนหน้าเหตุการณ์ซึนามิ ทั้งนี้ โจรสลัดยังได้ยิงขาของต้นกลเรือด้วย

วันที่ 11 มีนาคม เรือลากสัญชาติญี่ปุ่น ถูกกลุ่มโจรสลัดติดอาวุธปล้นในช่องแคบนอกชายฝั่งทะเลของมาเลเซีย โจรสลัดจับตัวประกัน 3 คน ซึ่งเป็นชาวญี่ปุ่นและฟิลิปปินส์ ไปยังที่ไม่เปิดเผย ส่วนลูกเรือ 11 คน ได้รับการปล่อยตัวปลอดภัย สำนักข่าวเกียวโด ประเทศญี่ปุ่นรายงานหลังเหตุการณ์โดยอ้างแหล่งข่าวว่า โจรสลัดเรียกค่าไถ่จำนวน 250,000 เหรียญ

ลูกเรือซึ่งได้รับการปล่อยตัวระบุว่า โจรสลัดไม่ได้ทำร้ายร่างกาย และปฏิบัติตัวแบบมีความเป็นมนุษย์อยู่บ้าง

ต่อมา ในวันที่ 12 มีนาคม โจรสลัดมะละกาบุกยึดเรือ สัญชาติอินโดนีเซียซึ่งบรรทุกก๊าซมีเธน ระวางขับน้ำ1,289 มุ่งหน้าจากซามารินดาในจังหวัดกาลิมันตันตะวันออกไปยังเมืองท่าเบลาวัน สุมาตราเหนือ

โจรสลัดจับกัปตันและต้นกลเรือไปเรียกค่าไถ่ และปล่อยเรือกลับเข้าฝั่ง รายงานของศูนย์รายงานเหตุโจรสลัด สำนักงานเดินเรือระหว่างประเทศ (ไอเอ็มบี) ระบุว่า กลุ่มโจรสลัดมีจำนวน 35 คน มีอาวุธเป็นปืนกลและเครื่องยิงจรวด

สำหรับเหตุการณ์ครั้งนี้ สำนักข่าวรอยเตอร์/เอเอฟพีรายงานว่า เจ้าของเรือเชื่อว่าโจรสลัดกลุ่มนี้อาจเป็นขบวนการอะเจห์เสรีซึ่งมีเป้าหมายในการแบ่งแยกดินแดน

วันที่ 17 มีนาคม 2548 มีรายงานว่าทางการอินโดนีเซียส่งเรือรบจำนวน 3 ลำเข้าไปในช่องแคบมะละกา เพื่อกดดันให้กองโจรปล่อยตัวประกัน ซึ่งถูกจับไปทั้งสิ้น 5 คน ประกอบด้วยชาวญี่ปุ่น 2 คน ชาวฟิลิปปินส์ 1 คนและ ชาวอินโดนีเซีย 2 คน โดยตัวประกันทั้ง 5 คนถูกโจรสลัดจับตัวไปในการโจมตี วันที่ 11 และ 12 มีนาคม ซึ่งถือเป็นการโจมตีในระยะเวลาใกล้เคียงกันอย่างยิ่ง

ด้านรัฐบาลมาเลเซียได้ปฏิบัติการค้นหาและหาทางช่วยเหลือตัวประกันทั้ง 5 คน โดยส่งเรือลาดตระเวน 5 ลำ และเฮลิคอปเตอร์ขึ้นบินบริเวณเหนือสุดของช่องแคบมะละกาเพื่อป้องกันการโจมตีครั้งใหม่ ส่วนญี่ปุ่นแถลงว่าจะพยายามอย่างเต็มที่ เพื่อช่วยเหลือ ชาวญี่ปุ่น 2 คนที่ถูกจับตัวไป