หลังเกิดเหตุคนร้ายบุกขึ้นขบวนรถไฟที่ 454 ต้นทางจากสถานีรถไฟสุไหงโก-ลก ปลายทางยะลายิงตำรวจและเจ้าหน้าที่ประจำขบวนรถไฟ เสียชีวิต 4 นายและได้รับบาดเจ็บ 1 นาย เหตุเกิดระหว่างที่หยุดรถไฟกาแด๊ะ และสถานีมะรือโบ บริเวณบ้านสะโลตราแดะ หมู่ที่ 1 ตำบลเฉลิม อำเภอระแงะ จังหวัดนราธิวาส ห่างจากสถานีรถไฟมะรือโบ ประมาณ 1 กิโลเมตร เมื่อเวลา 17.10 น. วันที่ 21 มิถุนายน 2551 นั้น ทำให้ต้องมีการประกาศหยุดเดินรถไฟจากสถานีรถไฟชุมทางหาดใหญ่ลงไปยัง 3 จังหัดชายแดนภาคใต้ ปลายทางสุไหงโก - ลก

การประกาศหยุดวิ่งโดยไม่มีกำหนด ส่งผลกระทบทำให้ผู้โดยสารไม่สามารถเดินทางต่อไปยัง 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้และจาก 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้โดยรถไฟ ต้องใช้บริการรถโดยสารหรือรถตู้แทนซึ่งมีค่าโดยสารแพงกว่า โดยรถไฟทางไกล เช่น จากกรุงเทพมหานคร ต้องวิ่งมาถึงปลายทางที่สถานีชุมทางหาดใหญ่เท่านั้น เนื่องจากพนักงานยังไม่มั่นใจในความปลอดภัย จนกว่าฝ่ายความมั่นคงจะมีมาตรการที่ชัดเจนอีกครั้ง

ทั้งนี้การเดินรถไฟจากสถานีหาดใหญ่ ถึงสถานีสุไหงโก-ลก มีทั้งหมด 22 ขบวน

อย่างไรก็ตามในช่วงเช้าของวันที่ 24 มิถุนายน 2551 ทางศูนย์การเดินรถไฟภาคใต้ การรถไฟแห่งประเทศไทย และสหภาพแรงงานรัฐวิสาหกิจรถไฟแห่งประเทศไทย สาขาหาดใหญ่ และหน่วยงานรถไฟในระดับท้องถิ่นได้ประชุมหารือกันเป็นการภายในอีกครั้ง เพื่อร่วมกันกำหนดมาตรการที่เกี่ยวกับความปลอดภัยในการเดินรถในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ เพื่อเสนอหน่วยงานที่เกี่ยวกับทั้ง กองอำนวยการรักษาความมั่นคงภายในภาค 4 (กอ.รมน.ภาค 4 ) ส่วนหน้า และฝ่ายปกครองซึ่งจะมีการนัดหารือกันอีกครั้งหนึ่ง

นายทนงศักดิ์ พงษ์ประเสริฐ ผู้อำนวยการศูนย์ภาคใต้การรถไฟแห่งประเทศไทย เปิดเผยว่า การเดินรถไฟในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ยังหยุดวิ่งต่อไปโดยไม่มีกำหนด จนกว่าจะได้ข้อสรุปที่ชัดเจนและมีการหารือกับผู้ที่เกี่ยวข้องทุกฝ่าย ซึ่งกำลังอยู่ระหว่างการประสานงาน

ทั้งนี้ ทางรถไฟต้องการให้การแก้ปัญหาเรื่องความปลอดภัย ให้เป็นไปในลักษณะเชิงนโยบายที่มาจากรัฐบาลโดยตรง เพราะหน่วยงานในระดับท้องถิ่นนั้น ได้มีการประชุมกันหลายครั้งแต่ไม่สามารถแก้ปัญหาได้เป็นรูปธรรม และยังคงเกิดเหตุร้ายขึ้นกับเจ้าหน้าที่รถไฟอย่างต่อเนื่อง

ด้านหน่วยเฉพาะกิจตำรวจตระเวนชายแดนที่ 43 อ.นาทวี จ.สงขลา ซึ่งมีหน้าที่รับผิดชอบในการคุมเข้มเส้นทางรถไฟตั้งแต่สถานีรถไฟหาดใหญ่ถึงเขตรอยต่ออำเภอโคกโพธิ์ จ.ปัตตานี ความยาว 60 กิโลเมตร จัดกำลังออกลาดตระเวนเส้นทางรถไฟอย่างต่อเนื่องแม้จะยังคงหยุดวิ่งโดยไม่มีกำหนด โดยเน้นพื้นที่ล่อแหลมที่เส้นทางรถไฟผ่านป่าและภูเขา เพื่อป้องกันไม่ให้กลุ่มก่อความไม่สงบฉวยโอกาสในช่วงที่รถไฟหยุดวิ่งเข้ามาก่อเหตุซ้ำ

นอกจากนี้ ยังจัดกำลังป้องกันพื้นที่รอบนอกในอำเภอชายแดนของจังหวัดสงขลาเพื่อป้องกันกลุ่มก่อความไม่สงบในพื้นที่ฉวยโอกาสสร้างสถานการณ์หลังจากที่เกิดเหตุรุนแรงขึ้นในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้อย่างต่อเนื่องในระยะนี้ โดยสนธิกำลังกับกองร้อย ฉก.ตชด.ในพื้นที่และทหารพรานออกลาดตระเวน อย่างไรก็ตามในขณะนี้กองกำลังในพื้นที่ จ.สงขลาทุกหน่วยต่างคุมเข้มพื้นที่ที่รับผิดชอบให้มากขึ้นเป็นกรณีพิเศษ

การประกาศหยุดวิ่งรถไฟดังกล่าว ไม่เพียงกระทบกับการเดินทางขอประชาชนเท่านั้น  ยังกระทบกับการขนส่งสินค้าไปยังจังหวัดชายแดนภาคใต้โดยรถไฟด้วย โดยเฉพาะสินค้าทางด้านการเกษตร สินค้าโอทอป ข้าวสาร

โดยข้าวสารที่ส่งขายใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ มาจากจังหวัดพัทลุง ซึ่งได้ส่งออกระดับต้นๆ ของจังหวัด ซึ่งถือว่า 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นลูกค้ารายใหญ่ของจังหวัดพัทลุง

ส่วนบรรยากาศที่สถานีขนส่งหาดใหญ่ ในช่วงสัปดาห์ที่ผ่านมา มีประชาชนที่ต้องการเดินทางลงไปพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ ยะลา ปัตตานี และนราธิวาส เดินทางไปใช้บริการรถบัสและรถตู้เป็นจำนวนมาก หลังจากที่รถไฟประกาศหยุดวิ่ง

อย่างไรก็ตาม เพื่อรองรับประชาชนที่หันมาใช้บริการรถบัสและรถตู้ ในช่วงที่รถไฟหยุดวิ่ง ทางสถานีขนส่งหาดใหญ่ได้เตรียมรถเสริม ซึ่งเป็นรถบัส ทั้งรถของ บขส. รถร่วมฯ และรถที่วิ่งระหว่างจังหวัด ให้เพียงพอกับจำนวนผู้โดยสารที่เพิ่มขึ้น

นายไพรัตน์ ทองเทพ นายสถานีเดินรถ บขส. หาดใหญ่ เผยว่า จากการให้บริการเส้นทางหาดใหญ่ไป 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ จะมีรถเพียงพอกับปริมาณผู้โดยสาร และจะไม่มีปัญหาผู้โดยสารตกค้าง โดยจากการประเมินสถานการณ์ในแต่ละวัน หากรถที่วิ่งในเส้นทางปกติมีไม่เพียงพอกับจำนวนผู้โดยสารที่เพิ่มขึ้น ก็จะนำรถเสริมมาให้บริการทันที

สำหรับตำรวจและพนักงานรถไฟที่ถูกคนร้ายบุกขึ้นไปยิง ตาย 4 คน ดังกล่าว ประกอบด้วย 1.จ.ส.ต.สมพร ยี่สุ่นดนตรี ผบ.หมู่ตำรวจรถไฟประจำสถานีรถไฟ อ.หาดใหญ่ 2. นายวิชาญ ฉายามนตรี นายสถานีรถไฟเจาะไอร้อง จ.นราธิวาส 3.นายวชิรศักดิ์ เลิศศิริวิบูลย์ พนังงานรถไฟ และ 4.นายพิพัฒน์ กล่ำกล่อมจิตร พนักงานรักษาความสะอาดขบวนรถไฟ ส่วนผู้ได้รับบาดเจ็บ 1 นาย คือ ด.ต.ชนะนันต์ ปองดอง ผู้บังคับหมู่ตำรวจรถไฟประจำสถานีรถไฟ อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา