กระบวนการควบคุมตัวผู้ต้องสงสัยว่าเกี่ยวข้องกับการก่อความไม่สงบในจังหวัดชายแดนภาคใต้ ส่วนหนึ่งมักถูกตั้งคำถามจากประชาชนในพื้นที่ว่า เหตุใดหลายคนจึงถูกควบคุมตัวหลายครั้งโดยเจ้าหน้าที่อ้างหมายควบคุมตัวตามพระราชกำหนดการบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ.2548 (พรก.ฉุกเฉินฯ)

เกี่ยวกับเรื่องนี้ นายอดิลัน อาลีอิสเฮาะ ประธานศูนย์ทนายความมุสลิมประจำจังหวัดยะลา ในฐานะนักกฎหมายผู้คร่ำหวอดอยู่กับคดีความมั่นคงในพื้นที่ บอกว่า ที่ผ่านมามีชาวบ้านมาร้องเรียนต่อศูนย์ทนายความมุสลิมในเรื่องนี้จำนวนมากด้วยเช่นกัน

อดิลัน บอกว่า การควบคุมตัวหลายครั้งตามที่มีการร้องเรียนมาหรือแจ้งข้อมูล สามารถแบ่งออกได้  3 กรณี

กรณีแรก คือ การขอออกหมายควบคุมตัวตามพระราชกำหนดการบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ.2548 ในครั้งแรกไม่มีการบันทึกไว้ที่ศาล ที่เป็นเช่นนั้น เนื่องจากไม่มีระเบียบวิธีปฏิบัติกำหนดไว้ชัดเจน และการออกหมายนั้นจะเป็นความลับระหว่างเจ้าหน้าที่ผู้ขอออกหมายกับผู้พิพากษาศาลเท่านั้น ซึ่งต่างกับการขอออกหมายตามประมวลกฎหมายวิธีพิจารณาความอาญา ที่ทุกครั้งที่ของการขออนุมัติออกหมายจับจากศาล จะมีการบันทึกไว้ที่ศาลด้วย

ปัญหาก็คือ การที่ขอออกหมายตามพระราชกำหนดการบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ.2548 ครั้งแรกซึ่งไม่มีการบันทึกไว้นั้นจึงทำให้ไม่สามารถตรวจสอบได้ในภายหลังว่า ผู้ที่ถูกออกหมายนั้นคือใคร เมื่อมีการออกหมายเพื่อควบคุมตัวต่อเป็นครั้งที่สอง ซึ่งครั้งที่สองนี้เองที่จะมีการบันทึกไว้ หมายความว่า ไม่สามารถตรวจสอบได้ว่าผู้ที่ถูกออกหมายควบคุมตัวแล้วนั้น เคยถูกออกหมายควบคุมตัวมาแล้วหรือไม่

ทั้งนี้โดยหลักปฏิบัติทั่วไปแล้ว หมายไม่ว่าหมายจับ ควบคุมตัวหรือหมายค้นต่างๆ สามารถใช้ได้ครั้งเดียว แล้วสิ้นสภาพบังคับทันที เช่น หมายควบคุมตัว เมื่อสามารถควบคุมตัวได้แล้ว หมายนั้นก็ไม่สามารถใช้ได้อีกแล้ว แต่ไม่จำเป็นต้องแจ้งให้ศาลทราบว่าได้ใช้หมายนั้นแล้วหรือไม่ ซึ่งวิธีปฏิบัติทั่วไปที่จะให้ศาลทราบว่าได้ใช้หมายนั้นไปแล้วคือการต้องแจ้งการใช้หมายนั้นให้ศาลทราบด้วย

ส่วนการขอเพิกถอนหมายดังกล่าวนั้น สามารถทำได้ก็ต่อเมื่อยังไม่ได้จับผู้ต้องสงสัยตามหมายที่ระบุในหมายดังกล่าว เพราะเมื่อควบคุมตัวมาแล้วหมายนั้นก็จะสิ้นสภาพโดยตัวเองอยู่แล้ว หรืออีกกรณีหนึ่ง การขอเพิกถอนหมายดังกล่าวทำได้ก็ต่อเมื่อศาลไต่สวนว่าการขอออกหมายนั้นเป็นไปโดยหลงหรือไม่ใช่บุคคลที่กระทำผิด

กรณีการไม่มีการบันทึกการออกหมายครั้งแรก ไม่มีการบันทึกที่ศาล ศูนย์ทนายความทราบได้จากการที่ ชาวบ้านมาร้องเรียนมายังศูนย์ทนายความมุสลิมว่า ถูกเจ้าหน้าที่ใช้หมายควบคุมตัวตามพระราชกำหนดการบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน พ.ศ.2548 ควบคุมตัวไปหลายครั้ง ทนายจากศูนย์ทนายความมุสลิมจึงได้ยื่นคำร้องต่อศาลขอให้ไต่สวนว่าเหตุใดจึงถูกควบคุมตัวตามหมายพระราชกำหนดดังกล่าวอีกครั้งทั้งที่ก่อนหน้านั้นก็เคยถูกควบคุมตัวตามหมายดังกล่าวแล้ว

เมื่อศาลไต่สวนได้จึงทำให้รู้ว่า การออกหมายครั้งแรกไม่มีการบันทึกไว้ที่ศาล จึงไม่สามารถตรวจสอบได้ว่า คนที่ถูกควบคุมตัวครั้งที่สองนั้น เคยถูกออหมายควบคุมตัวมาก่อนแล้วหรือไม่ เพราะไม่มีการบันทึกการออกหมายครั้งแรกนั่นเอง

แต่มีรายหนึ่งที่ศาลสั่งให้ปล่อยตัว แม้ว่าจะไม่มีข้อมูลบันทึกไว้ที่ศาล ทว่ามีข้อมูลอยู่ในตัวหมายดังกล่าวที่เจ้าหน้าที่ใช้เป็นครั้งที่สอง และมีการไต่สวนจนทราบได้ว่ามีการใช้หมายดังกล่าวเป็นครั้งที่สอง ศาลจึงสั่งให้ปล่อยตัว โดยพิเคราะห์ว่า หมายควบคุมตัวที่ใช้แล้วไม่สามารถนำมาใช้บังคับใช้ได้อีกแล้ว

กรณีที่สอง เจ้าหน้าที่ได้ออกหมายควบคุมตัวตามพระราชกำหนดดังกล่าวแล้ว นำตัวผู้ถูกควบตัวไปฝึกอบรมอาชีพ 4 เดือนที่จังหวัดสุราษฎร์ธานี ชุมพรและระนอง ในช่วงประมาณเดือนมิถุนายน ปี 2550 ที่ผ่าน ซึ่งศาลได้สั่งให้ปล่อยตัวมาแล้วนั้น เมื่อกลับมาที่บ้านแล้ว ปรากฏว่ามีบางส่วนถูกควบคุมตัวอีกครั้งตามหมายควบคุมตัวเดิม โดยเจ้าหน้าที่ระบุว่า การฝึกอบรมอาชีพไม่เกี่ยวข้องกับการดำเนินคดีตามกฎหมาย ทั้งที่ก่อนหน้านั้นเจ้าหน้าที่ทหารระบุว่า หากเข้าฝึกอบรมอาชีพแล้วจะไม่ถูกดำเนินคดี กรณีเช่นนี้มีหลายคนด้วยกัน

กรณีที่สาม คือกลุ่มที่ถูกเจ้าหน้าที่ระบุว่า มีผู้ซัดทอดว่าเกี่ยวข้องกับการก่อความไม่สงบในพื้นที่ จึงส่งหนังสือเชิญตัวไปเข้าร่วมอบรมในโรงเรียนการเมือง ซึ่งมีบางคนที่ไปและบางคนไม่ไปเข้าอบรม แต่บางคนที่เข้ารับการอบรมแล้ว เมื่อกลับมาก็ถูกควบคุมตัวดำเนินคดีข้อหาเกี่ยวข้องกับการก่อความไม่สงบ

ขณะที่ พล.ต.ธวัชชัย สมุทรสาคร ผู้บังคับหน่วยเฉพาะกิจปัตตานี บอกว่า การดำเนินการออกหมายต่างๆ นั้นทางเจ้าหน้าที่ตำรวจจะเป็นผู้ดำเนินการทั้งหมด โดยหลักการแล้วหากเจ้าหน้าที่มีหลักฐานหรือข้อมูลเพิ่มเติมก็จะขอออกหมายควบคุมตัวผู้ต้องสงสัยได้อีกครั้ง

นอกจากนี้ เจ้าหน้าที่ทหารสามารถใช้อำนาจตามกฎอัยการศึก ควบคุมตัวมาอีกครั้ง หรืออาจเชิญตัวให้เข้ารับการอบรม เป็นต้น