วันที่ 16 ธันวาคม พ.ศ. 2551 ศาลยกคำร้อง คดีไต่สวนมาตรา 90 หลังจากไต่สวนพยานฝ่ายผู้ร้องและพยานที่ศาลเรียกมาทั้งหมดและศาลวินิจฉัยว่ารับฟังจากทหารและผู้อำนวยการโรงเรียนแล้วไม่ปรากฎว่านายมะยะเต็ง มะระนอ ยังอยู่ในโรงเรียนบันนังสตาอินทรฉัตร จึงยกคำร้อง 

โดยระบุว่าตามคำให้การของ พ.อ.ทิม เรือนโต ที่ให้การว่า เวลาประมาณ 18.00 น. พยานมากับนายมะยาเต็ง จนกระทั่งเวลา 19.00 น. นายมะยาเต็งก็ขับรถออกไป และ พ.ท.ก่อเกียรติ ที่ให้การว่าเมื่อพยานเดินทางมาถึงโรงเรียนบันนังสตาฯก็พบกับนายมะยาเต็งแล้วก็ได้พูดคุยกัน 1 ชั่วโมง แล้วนายมะยาเต็งก็ขอตัวกลับเนื่องจากเป็นเวลาใกล้ค่ำแล้ว ส่วนพยานก็ได้คุยกับ ผอ.โรงเรียนบันนังสตาฯต่อ

ทั้งนี้ ศาลได้เรียกนายบัญญัติ ผอ.โรงเรียนบันนังสตาฯ มาเป็นพยานเพิ่มเติม และพยานไม่รู้จักกับนายมะยาเต็งเห็นว่าเป็นคนมุสลิม 2 คน มาคุยกับพอ.ทิมแล้วก็ออกไป

ความจากทหารและนายบัญญัติในฐานะผอ.โรงเรียนบันนังสตาฯให้การสอดคล้องกันว่านายมะยาเต็งกลับไปแล้วแม้นายบัญญัติจะไม่ได้รู้จักกับนายมะยาเต็ง แต่คำเบิกความของนายบัญญัติให้การสอดคล้องว่านายมะยาเต็งได้ออกจากโรงเรียนบันนังสตาฯไปแล้ว ถือได้ว่านายบัญญัติเป็นคนกลาง ประกอบกับผู้ร้องไม่ทราบว่านายมะยาเต็งถูกควบคุมหรือขังโดยชอบด้วยกฎหมายไว้ที่ใด จึงยกคำร้องตามมาตรา 90 ที่มีสาระสำคัญคือการร้องให้ศาลปล่อยตัวผู้ที่ถูกควบคุมตัว

พร้อมกันนั้นศาลได้ยกคำร้องที่ทนายยื่นต่อศาลเพื่อเพิกถอนกระบวนพิจารณาคดีในวันที่ 27 พฤศจิกายน พ.ศ. 2551 ดังกล่าวพร้อมทั้งขอให้ไต่สวนพยานบุคคลใหม่และขอให้ไต่สวนพยานเพิ่มเติมที่ทีมทนายร้องขอทุกคำร้อง  รวมทั้งขอให้เปิดเผยเอกสารลับของทหารที่ศาลใช้อ้างอิงในการสืบพยานของศาลในวันที่ 27 พฤศจิกายนด้วย

ผู้ร้องซึ่งเป็นภรรยาพร้อมญาติ กล่าวพร้อมน้ำตาจะให้ทนายความยื่นอุทธรณ์คำสั่งของศาลชั้นต้นไปยังศาลอุทธรณ์ต่อไป เพราะตนเองยังเดือนร้อนทางด้านจิตใจอย่างหนักและเรื่องหนี้สินสหกรณ์ครูยะลาที่บังคับให้ครูผู้คำประกันรับผิดชอบหนี้สิ้น ทำให้ครูทั้งหมด 4 คนเดือนร้อนไปกันทั้งหมดต้องจ่ายค่างวดชำระหนี้ทุกเดือนรวมทั้งครอบครัวขาดรายได้มาเป็นระยะเวลากว่า 1 ปีเนื่องจากการงดจ่ายเงินเดือนของนายมะยะเต็งของเขตการศึกษาที่  2  พร้อมที่จะดำเนินการทางศาลต่อไปเพื่อเรียกร้องความเป็นธรรม

การเรียกร้องความเป็นธรรมต่อกรณีคนหายครั้งนี้เพื่อเป็นบรรทัดฐานในการเรียกร้องความเป็นธรรมต่อศาลในกรณีการบังคับให้บุคคลสูญหาย รวมทั้งการแก้ไขปัญหาข้อจำกัดของกฎหมายอาญาของไทย ที่ยังไม่มีการบัญญัตไว้ในกฎหมายใดใดว่า "การบังคับให้บุคคลสูญหาย" เป็นความผิดอาญาทำให้ไม่สามารถฟ้องร้องดำเนินคดีกับผู้ต้องสงสัยในการบังคับให้บุคคลสูญหายได้