นายจอน อึ้งภากรณ์ อดีตส.ว. และผู้ก่อตั้งเว็บไซต์ประชาไท กล่าวว่า เว็บไซต์ประชาไทตั้งขึ้นในสมัยพ.ต.ท.ทักษิณ เป็นนายกรัฐมนตรี เพราะเห็นว่ารัฐบาลทักษิณจำกัดเสรีภาพของประชาชน แม้จะเป็นรัฐบาลที่มาจากการเลือกตั้ง แต่ก็มีการแทรกแซงและควบคุมสื่ออยู่ตลอดเวลา เว็บไซต์ประชาไทจึงต้องการทำหน้าที่เป็นสื่อที่นำเสนอข้อเท็จจริงโดยไม่ถูกแทรกแซง เช่น เราเคยนำเสนอข่าวเหตุการณ์ความรุนแรงใน 3 จังหวัดภาคใต้ให้ประชาชนรู้ว่าความรุนแรงไม่ได้มาจากผู้ก่อการร้ายฝ่ายเดียว แต่มาจากฝ่ายรัฐด้วยในยุครัฐบาลพ.ต.ท.ทักษิณ และหลังจากนั้นบรรยากาศทางการเมืองก็มีการรัฐประหารประชาชนก็ถูกจำกัดเสรีภาพ แม้ในปัจจุบันสื่อมีเสรีภาพแต่การตีความการใช้กฎหมายหมิ่นพระบรมเดชานุภาพแบบครอบจักรวาลก็ทำให้บรรยากาศการจำกัดเสรีภาพสื่อกลับมา มีการตีความแม้กระทั่งว่า การเสนอให้ยกเลิกหรือปรับปรุงกฎหมายหมิ่นพระบรมเดชานุภาพก็เข้าข่ายหมิ่นพระบรมเดชานุภาพด้วย

นายจอน กล่าวว่า ในวันนี้ตำรวจมีหมายค้นและหมายจับเข้าจับกุมนางสาวจีรนุช เปรมชัยพร ผู้จัดการเว็บไซต์ประชาไท ในข้อหาทำนองว่าทำผิดพ.ร.บ.คอมพิวเตอร์ โดยกล่าวหาว่ามีข้อความหมิ่นฯ ในเว็บบอร์ด ซึ่งเป็นพื้นที่ที่ประชาชนสามารถมาแสดงความคิดเห็น โดยเนื้อหาที่โพสต์ในเว็บบอร์ดไม่ได้เกิดจากการจัดทำของทีมงานประชาไท แต่ประชาไทก็มีความรับผิดชอบและมีนโยบายอย่างชัดเจนที่จะติดตาม และลบข้อความที่หมิ่นเหม่กับการผิดกฎหมาย รวมทั้งมีกลไกที่ผู้อ่านสามารถแจ้งให้เว็บมาสเตอร์ลบได้ด้วย จึงเป็นที่น่าสังเกตว่าเจ้าหน้าที่ตำรวจกล่าวหาโดยไม่ได้ระบุว่าเป็นข้อความใด และโพสต์ข้อความตั้งแต่วันที่เท่าไหร่ แต่ตำรวจระบุว่าประชาไทปล่อยให้ข้อความปรากฎอยู่นาน และตีความว่าหมิ่นพระบรมเดชานุภาพ

"ผมคิดว่าตำรวจทำตามหน้าที่ แต่ไม่รู้ว่ามีคำสั่งอะไรที่จะหาทางปิดเว็บไซต์ประชาไทหรือไม่ เพราะมีเว็บอีกเยอะแยะที่โพสต์ข้อความหมิ่น ขณะที่เราเป็นเว็บไซต์ที่มีมูลนิธิ เป็นอิสระ ถูกต้องตามกฎหมาย ประกาศชัดเจนว่าใครรับผิดชอบตำแหน่งอะไร ผมมีข้อสงสัยว่าการดำเนินคดีของตำรวจมาจากคำสั่งของใคร ผมคิดว่าเรื่องนี้เป็นเรื่องใหญ่ ประชาไทมีนโยบายชัดเจนที่จะลบข้อความหมิ่น ข้อความผิดกฎหมาย เราพยายามที่สุดที่จะไม่ให้เกิดขึ้น คุณจีรนุชก็พยายามดูแล เราไม่รู้ว่าข้อความไหนที่ตำรวจบอกว่าเกี่ยวข้อง และถูกโพสต์ไว้นานเท่าไหร่" นายจอนกล่าว

ผู้ก่อตั้งเว็บไซต์ประชาไท กล่าวว่า ขณะนี้มีอาจารย์มหาวิทยาลัยกำลังจะเดินทางไปกองปราบพร้อมกับตน เพื่อใช้ตำแหน่งไปประกันตัวนางสาวจีรนุช ถ้าตำรวจไม่ให้ประกันตัวก็คงต้องถูกคุมขัง อย่างไรก็ตาม แม้ปัจจุบันตนไม่ได้เป็นกรรมการในประชาไทแล้วแต่เห็นว่าประชาไทมีความสำคัญต่อสังคมไทยสูงมาก เพราะมีประชาชนจำนวนไม่น้อยที่เข้าไปอ่าน โดยตัวเลขผู้อ่านเพิ่มขึ้นตามบรรยากาศการจำกัดเสรีภาพของประชาชน โดยเฉพาะหลังการรัฐประหาร 19 ก.ย. 49 มีคนอ่านหลายหมื่นคนต่อสัปดาห์ และมีผู้อ่านประจำจำนวนมาก ในส่วนของการทำงานในองค์กรแม้ตนเป็นผู้ก่อตั้งเว็บไซต์แต่ก็ไม่ได้มีความคิดเห็นตรงกับกองบรรณาธิการแต่อย่างใด ซึ่งเป็นไปตามวัตถุประสงค์ที่ตั้งขึ้น โดยให้ความสำคัญกับเสรีภาพความคิดเห็นของทุกคน