18 ธ.ค.2558 เว็บไซต์กรุงเทพธุรกิจ อ้างรายงานข่าวจากที่ประชุมคณะรัฐมนตรี (ครม.) เมื่อวันที่  15 ธ.ค.ที่ผ่านมาว่า มีวาระพิจารณารายงานประเมินสถานการณ์สิทธิมนุษยชนในประเทศไทยและรายงานผลการปฏิบัติงานของคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ (กสม.) ปี 2557 ซึ่งภายหลังจากครม.มีมติรับทราบรายงานดังกล่าว ปรากฏว่า พล.อ.ประยุทธ์ ได้เขียนข้อความด้วยลายมือหวัดอย่างมากแนบท้ายเอกสารครม.ใจความว่า "กรณีนี้ให้ กสม.ใช้วิจารณญาณบนพื้นฐานจากอะไร บุคคลใด กลุ่มใดที่สร้างความไม่สงบสุข และได้ผ่อนผันมาโดยตลอด แต่บุคคลเหล่านี้ยังคงกระทำความผิดซ้ำแล้วซ้ำเล่า การละเมิดสิทธิของบุคคลเหล่านี้ การปกครองแล้วต่อต้าน ที่ไม่ปฏิบัติตามกฎหมาย กรณีทุจริตของรัฐ การใช้อาวุธ มีคดีที่ตัดสินแล้ว เขามองจากอะไร ประเทศเรามีความแตกต่างกับต่างประเทศ ประชาชนของเรามีความเท่าเทียมหรือยัง ใครที่ทำให้ รัฐบาล/คสช.เข้ามาเพื่อเปลี่ยนแปลง ใช้วิจารณญาณหรือยัง หากยังคงมองการปฏิบัติแบบนี้ก็สมควรไปอยู่ต่างประเทศเสียดีกว่า”

อย่างไรก็ตาม ภายหลังเผยแพร่ข่าวนี้เว็บไซต์ NOW26 รายงาน พลตรีสรรเสริญ แก้วกำเนิด โฆษกประจำสำนักนายกรัฐมนตรีได้ออกมาชี้แจงว่าพลเอกประยุทธ์ ไม่ได้กล่าวอะไรถึงรายงานประจำปี 2557 ของ กสม. เนื่องจากเป็นวาระเพื่อทราบ มักจะผ่านไปโดยเร็วโดยไม่ได้มีการอ่านเนื้อหาโดยละเอียด

ต่อมาวัส ติงสมิตร ประธาน กสม.ชุดใหม่ที่เพิ่งเข้าทำงานเมื่อปลายเดือนพ.ย.ที่ผ่านมากล่าวถึงกรณีที่มีกระแสข่าวข้อความของนายกฯ เกี่ยวกับรายงานของกสม. ว่า รายงานดังกล่าวเป็นของกสม.ชุดที่แล้วซึ่งมีนางอมรา พงศาพิชญ์ เป็นประธาน จึงไม่ทราบเรื่องหรือเห็นว่ามีจดหมายน้อยจากนายกฯ ส่งมาให้ กสม.แต่ อย่างใด พอเห็นว่ามีการนำเสนอข่าวก็รู้สึกค่อนข้างแปลกใจ เนื่องจาก กสม.ชุดนี้ยังไม่ได้มีการดำเนินการอะไรมากขนาดนั้น ตั้งแต่เข้ามาปฏิบัติหน้าที่ก็มีภารกิจที่ต้องแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้น โดยเฉพาะสถานการณ์ที่กสม.กำลังจะถูกพิจารณาเรื่องลดเกรดจากคณะกรรมการประสานงานว่าด้วยสถาบันสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ หรือไอซีซี ซึ่งไอซีซีจะมีมติอย่างใดอย่างหนึ่งภายในเดือน มี.ค. 2559 ขณะนี้จึงยังพอมีเวลาที่อยู่ในช่วงให้กสม.แก้ไขปัญหาดังกล่าวเพื่อให้รักษาระดับอยู่ในเกรดเอต่อไป ส่วนกรณีที่ กสม.มีแถลงการณ์เกี่ยวกับการจับกุมตัวนายฐนกร ศิริไพบูลย์ และนายธเนตร อนันตวงษ์ นั้นดูแล้วก็ยังถือว่าเป็นแถลงการณ์ที่เบากว่าองค์กรสิทธิฯ อื่น

ประธาน กสม.กล่าวด้วยว่า ได้ทราบมาว่าโฆษกรัฐบาลได้ปฏิเสธถึงกรณีดังกล่าวแล้วว่านายกรัฐมนตรีไม่ได้กล่าวหรือมีความเห็นต่อรายงานของ กสม. ในที่ประชุมครม.วันที่ 15 ธ.ค.ที่ผ่านมา เนื่องจากเป็นเพียงวาระพิจารณาเพื่อทราบเท่านั้น

ทั้งนี้ เนื้อหาในรายงานดังกล่าว ในส่วนของผลการปฏิบัติงานประจำปี พ.ศ.2557 ระบุว่า กสม.ได้รับเรื่องร้องเรียนที่มีการร้องเรียนว่าถูกละเมิดสิทธิมนุษยชนหรือมีการปฏิบัติที่ไม่เป็นธรรม 689 เรื่อง เพิ่มขึ้นจากปี 2556 จำนวน 78 เรื่อง โดยเรื่องการถูกละเมิดสิทธิในกระบวนการยุติธรรมถูกร้องเรียนมากที่สุดคือ 174 เรื่อง โดยภาคใต้เป็นพื้นที่ที่มีการร้องเรียนมากที่สุด และในส่วนของรายงานสถานการณ์สิทธิมนุษยชนปี 2557 กสม.ได้แยกสถานการณ์ออกเป็น 9 ประเด็น คือ 1.สิทธิพลเมืองและสิทธิทางการเมือง 2.สิทธิในกระบวนการยุติธรรม 3.สิทธิมนุษยชนในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ 4.สิทธิทางเศรษฐกิจ สังคมและวัฒนธรรม 5.สิทธิชุมชน 6.สิทธิด้านที่ดินและป่า 7.สิทธิเด็ก สตรี และความเสมอภาคทางเพศของบุคคล 8.สิทธิผู้สูงอายุ คนพิการและการสาธารณสุข และ9.สิทธิของกลุ่มชาติพันธุ์และสถานะบุคคล

สถานการณ์ที่น่าสนในประเด็น “สิทธิพลเมืองและสิทธิทางการเมือง” กสม.รายงานว่า กสม.ได้รับเรื่องร้องเรียนว่ามีการละเมิดสิทธิมนุษยชนจากเหตุการณ์ชุมนุมทางการเมืองจำนวน 22 คำร้อง โดยส่วนใหญ่เป็นคำร้องระหว่างคู่ขัดแย้งทางการเมือง ซึ่งมีสถานการณ์ที่สำคัญได้แก่ การชุมนุมของกลุ่ม กปปส. และการเข้าควบคุมอำนาจการปกครองของ คสช. โดยกสม.มีการประเมินสถานการณ์แล้วเห็นว่า 1.รัฐควรมีมาตรการดูแลความปลอดภัยของผู้ชุมนุมและควรตระหนักถึงผลกระทบและเสรีภาพในการชุมนุม โดยคำนึงถึงหลักนิติรัฐ นิติธรรม การมีส่วนร่วม เป็นต้น ตลอดจนควรเยียวยาผู้ได้รับผลกระทบตามหลักเกณฑ์ที่กฎหมายหรือระเบียบที่กำหนดอย่างรวดเร็วและเป็นธรรม 2.ผู้จัดการชุมนุมและผู้ชุมนุมย่อยควรใช้เสรีภาพในการชุมนุมอย่างสงบและปราศจากอาวุธหลีกเลี่ยงไม่ให้จัดการชุมนุมในลักษณะที่้เป็นการยั่วยุ เป็นต้น

ในสถานการณ์เกี่ยวกับ “สิทธิในกระบวนการยุติธรรม” กสม. รายงานว่า กสม.ได้รับเรื่องร้องเรียนที่ผู้ร้องอ้างว่าถูกละเมิดสิทธิในกระบวนการยุติธรรมจำนวน 134 คำร้อง รวมถึงมีการร้องเรียนเกี่ยวกับการใช้อำนาจของคสช.จำนวน 26 คำร้อง เช่น การถูกควบคุมตัวออกจากบ้านพักโดยไม่ทราบสถานที่ควบคุม การถูกเรียกให้ไปรายงานตัว และการถูกดำเนินคดีในศาลทหาร เป็นต้น ทั้งนี้พบว่า เจ้าหน้าที่ตำรวจเป็นกลุ่มผู้ที่ถูกร้องเรียนมากที่สุด รองลงมาคือ เจ้าหน้าที่ราชทัณ์ พนักงานอัยการบางส่วน ซึ่งในประเด็นนี้ กสม.มีการประเมินสถานการณ์แล้วเห็นว่า 1.รัฐควรมีกฎหมายที่จะให้การกระทำดังกล่าวเป็นความผิดทางอาญา มีบทลงโทษที่เหมาะสมกับความผิด และมีกลไกอิสระในการที่จะนำผู้กระทำผิดมาลงโทษ 2.ในกรณีผู้พ้นโทษ รัฐควรให้บุคคลเหล่านั้นสามารถกลับคืนสู่สังคมได้อย่างปกติ ซึงยังพบว่ายังมีกฎ ระเบียบ ข้อบังคับต่างๆที่เป็นอุปสรรค เช่น กรณีการรับเข้าทำงาน เป็นต้น