ความเห็นต่างหรือความคิดเห็นขัดแย้งกันทางศาสนา น่าจะมีมาตั้งแต่ยุคแรกๆที่เกิดศาสนาขึ้นในโลก ในปฐมเทศนาพุทธะก็วิพากษ์ศาสนาอื่นว่า เป็นแนวทางสุดโต่ง เป็นวิถีปฏิบัติที่เลว ในคัมภีร์พุทธศาสนามีการจำแนกความเชื่อทางลัทธิศาสนาอื่นๆว่าเป็น “มิจฉาทิฐิ” อย่างน้อย 62 ความเชื่อ ขณะเดียวกันสังฆะที่พุทธะก่อตั้งขึ้นเอง ก็มีปัญหาขัดแย้งทางความคิดเห็นและเกิดความแตกแยกด้วยเช่นกัน ดังกรณีพระเทวทัตประกาศความเห็นที่แตกต่างและขอแยกตัวออกเป็นเอกเทศเป็นต้น

หลังพุทธกาล เมื่อเริ่มสังคายนาธรรมวินัยครั้งแรก ก็ปรากฏร่องรอยความไม่เป็นเอกภาพในหมู่ชาวพุทธ นั่นคือ ภิกษุณีและอุบาสกอุบาสิกาไม่มีสิทธิ์เข้าร่วมในการทำสังคายนา ทั้งที่พุทธะยืนยันว่าธรรมวินัยจะงอกงามแผ่ขยายได้ ก็ด้วยความร่วมมือของพุทธบริษัททั้งสี่ แน่นอน พระสงฆ์ส่วนมากที่ไม่ได้เข้าร่วมสังคายนาก็ย่อมไม่เห็นด้วยทั้งหมดกับ “ฉันทามติ” ของพระสงฆ์ 500 รูป ที่ร่วมกันทำสังคายนาครั้งนั้น

ต่อมาก็เกิดพระสงฆ์กลุ่มใหญ่เรียกว่า “มหาสังฆิกะ” ที่ตีความธรรมวินัยแตกต่างไปจากมติของการสังคายนาครั้งแรก แล้วพัฒนาไปสู่การแยกเป็น 2 นิกายหลักคือ มหายานกับหินยานหรือเถรวาท แต่ละนิกายก็แยกเป็นนิกายย่อยๆ อีกจำนวนมาก

ถามว่า การแยกนิกายมีการโจมตี ข่มกัน หรือแข่งขันระหว่างนิกายไหม ตามหลักฐานทางเอกสารคือ “มี” แต่นี่ก็เป็นปรากฏการณ์ธรรมดาที่ศาสนาอื่นๆในเวลานั้นก็มีการแยกนิกายและโจมตีกันเป็นปกติ ระหว่างศาสนาก็มีการวิจารณ์ โจมตี หรือโต้วาทะกันไปมา ซึ่งเป็นธรรมชาติของสังคมศาสนายุคโบราณ ในบรรยากาศแบบนั้นการแยกนิกายศาสนา การเลือกนับถือศาสนาเป็นไปอย่างเสรี (นักพรตสิทธัตถะก็เลือกทดลองปฏิบัติในหลายลัทธิก่อนจะค้นพบความจริงด้วยตนเอง) ปัญหาความรุนแรงทางศาสนามีน้อยมาก เนื่องจากแต่ละศาสนาไม่ได้มี “อำนาจรัฐ” ไปจัดการลงโทษเอาผิดคนที่คิดหรือเชื่อต่างจากพวกตน ในพุทธศาสนาเองหากพระทำผิดวินัยสงฆ์ก็เป็นเรื่องของพระสงฆ์ในวัดนั้นๆและชาวบ้านที่ดูแลวัดนั้นๆ จัดการแก้ปัญหากันเอง ไม่เกี่ยวกับอำนาจรัฐ

อำนาจรัฐได้เข้ามาแทรกแซงหรือ “ลงโทษ” แก่พระภิกษุและภิกษุณีที่กระทำผิดกฎทางศาสนาตั้งแต่สมัยพระเจ้าอโศกเป็นต้นมา ต่อมารัฐต่างๆในเอเชียอาคเนย์ที่รับพุทธศาสนาแบบอโศก ได้ถือว่าผู้ปกครองเป็นธรรมราชามีหน้าที่เป็นเอกอัครศาสนูปถัมภก แต่ได้พัฒนาเกินไปจากพุทธศาสนาแบบอโศกอีกคือ มีการยกย่องว่ากษัตริย์นอกจากจะเป็นธรรมราชาแล้วยังเป็นพระโพธิสัตว์, สมมติเทพ, พระพุทธเจ้าอยู่หัวเป็นต้น ขณะเดียวกันก็มีการสถาปนาพระสังฆราช, สังฆราชา, สมเด็จกระสังฆราช และพระราชาคณะชั้นต่างๆสืบมาจนปัจจุบัน

หากมองจากประวัติศาสตร์สังคมการเมืองยุดเก่า จะเห็นว่า “ชนชั้นนำ” ในยุคนั้นคือกษัตริย์, ขุนนาง, พระ จึงไม่แปลกที่รัฐต่างๆในเอเชียอาคเนย์จะมอบฐานันดรศักดิ์แก่พระ เนื่องจากรัฐในแถบนี้ล้วนเป็น “รัฐนาฏกรรม” ที่อาศัยหลักความเชื่อทางศาสนาให้ความชอบธรรมแก่สถานะ อำนาจ และการแสดงบุญบารมีของชนชั้นปกครอง และศาสนาจะเจริญรุ่งเรืองได้ก็ด้วยการอุปถัมภ์จากอำนาจรัฐ เป็นทำนองเดียวกันนี้หมดไม่ว่าในโลกตะวันตกหรือตะวันออก

แต่ในในยุโรปช่วงเปลี่ยนผ่านเข้าสู่สภาวะสมัยใหม่ (modernity) ได้เกิดการแยกศาสนจักรออกจากอาณาจักร คือเอาสถาบันศาสนาออกไปจากสถาบันการปกครองของรัฐ หรือเปลี่ยนศาสนจักรที่เคยมีอำนาจรัฐให้กลายเป็นองค์กรศาสนาแบบเอกชน เพื่อแก้ปัญหาการกดขี่ ล่าแม่มด ความขัดแย้ง และสงครามในนามศาสนา ตรงกันข้ามกับการปรับตัวเข้าสู่สภาวะสมัยใหม่ของสยามไทย ที่เริ่มด้วยการสร้าง “ศาสนจักร” ที่มีอำนาจรัฐขึ้นมา

กล่าวคือ ตั้งแต่สมัยสุโขทัยจนถึงต้นรัตนโกสินทร์ แม้จะมีการสถาปนาพระสังฆราชและพระราชาคณะ แต่ตำแหน่งที่ว่าก็ไม่ได้มีอำนาจทางกฎหมาย และไม่มี “องค์กรปกครองสงฆ์” หรือ “ศาสนจักร” ที่มีอำนาจตามกฎหมาย เมื่อปฏิรูปการปกครองเป็นรัฐชาติ สร้างระบบราชการแบบสมัยใหม่ที่รวมศูนย์อำนาจที่ส่วนกลางในสมัย ร.5 ศาสนจักรที่เรียกว่า “มหาเถรสมาคม” ที่มีอำนาจตามกฎหมายปกครองพระสงฆ์ทั่วทุกภาคของประเทศจึงถูกสถาปนาขึ้น

แน่นอน ก่อนหน้านั้นมีการแยกนิกายธรรมยุตโดย ร.4 (ขณะผนวชเป็น “วชิรญาณภิกขุ”) ซึ่งก็เหมือนการแยกนิกายในยุคก่อนๆคือ เริ่มด้วยการวิจารณ์ว่าสงฆ์กลุ่มเดิมไม่ได้ปฏิบัติตามหลักธรรมวินัยที่ถูกต้องบริสุทธิ์ นิกายใหม่ถูกต้องบริสุทธิ์กว่า จนกำหนดประเพณีปฏิบัติว่าหากพระนิกายเดิมคือมหานิกาย จะเปลี่ยนเป็นธรรมยุต ต้องถอดจีวรนุ่งขาวแล้วเข้าพิธีบวชพระใหม่ และถือเป็นประเพณีสืบมาว่า “นาคหลวง” ที่อุปสมบทจากพระสองนิกายในพระอุโบสถวัดพระแก้ว หากเป็นธรรมยุตต้องไปทำพิธีบวชในโบสถ์ธรรมยุตซ้ำอีก จึงจะถือว่าเป็นพระโดยสมบูรณ์ ทำให้พระมหานิกายรู้สึกไม่พอใจว่าฝ่ายธรรมยุตไม่ได้มองพวกตนในฐานะเป็น “พระภิกษุ” เท่าเทียมกัน

แต่การที่แต่ละนิกายจะมองความเป็นพระไม่เทียมกัน อาจไม่ใช่ปัญหาใหญ่อะไร เพราะการข่มกันระหว่างนิกายก็มีมาตลอด มีกันทุกศาสนา แต่นั่นเป็นเพียง “ความเห็น” หรือทัศนคติ ปัญหาเกิดจากการที่รัฐบัญญัติกฎหมายกำหนดให้สถานะของพระ 2 นิกายไม่เท่าเทียมกันตั้งแต่มี พ.ร.บ.ลักษณะปกครองคณะสงฆ์ ฉบับ ร.ศ.121 ในสมัย ร.5 ที่กำหนดให้พระนิกายธรรมยุต(ซึ่งเป็นสงฆ์ส่วนน้อย) มีอำนาจปกครองพระมหานิกายได้ แต่พระมหานิกายปกครองพระธรรมยุตไม่ได้

หลังปฏิวัติสยาม 2475 ในปี 2476 พระมหานิกายจำนวนหนึ่งที่รู้สึกถึง “ความไม่ยุติธรรม” ในกฎหมายสงฆ์ดังกล่าว ได้ออกมาเรียกร้องให้รัฐบาลปฏิรูปการปกครองคณะสงฆ์ จนเกิด พ.ร.บ.คณะสงฆ์ ฉบับ พ.ศ.2484 แบ่งอำนาจออกเป็น 3 คือ สังมนตรี, สังฆสภา และคณะวินัยธร แต่สัดส่วนของสมาชิกสังฆสภาและสังฆมนตรีฝ่ายธรรมยุตยังมากกว่าฝ่ายมหานิกาย จนเกิดการร้องเรียนถึงนายกรัฐมนตรีในเวลานั้น และเกิดความร้าวฉานในสังฆสภาอีกหลายเรื่อง หนึ่งในนั้นคือ “กรณีพระพิมลธรรม” เป็นเหตุให้จอมพลสฤษดิ์ ธนะรัชต์ใช้เป็นข้ออ้างในการยกเลิก พ.ร.บ.คณะสงฆ์ 2484 และประกาศใช้ พ.ร.บ.คณะสงฆ์ พ.ศ.2505 แทน โดยนำระบบมหาเถรสมาคมแบบสมัย ร.5 กลับมาใช้อีกและใช้มาจนถึงปัจจุบัน

หากจะกล่าวโดยภาพรวม ความขัดแย้งระหว่างธรรมยุตกับมหานิกายในยุคปัจจุบัน อาจไม่ปรากฏชัดเจน จะว่าไปพระทั้งสองนิกายมีการไปมาหาสู่ ทำกิจกรรมร่วมกัน เคารพให้เกียรติกันมากขึ้น เพราะในโลกสมัยใหม่การเคารพระหว่างนิกายศาสนากลายเป็นกระแสที่ยอมรับกันทั่วไป แต่ “การต่อสู้เชิงอำนาจ” ผ่าน “กฎหมาย” ยังเป็นปัญหาที่ดำรงอยู่อย่างไม่อาจปฏิเสธได้ เช่นมีการแก้ไขเพิ่มเติม พ.ร.บ.คณะสงฆ์ ฉบับ 2505 ในปี 2535 ที่กำหนดให้นับ “อาวุโสทางสมณศักดิ์” เป็นเงื่อนไขหลักของผู้ที่สมควรได้รับแต่งตั้งเป็นสมเด็จพระสังฆราช

ขณะเดียวกันก็เกิด “ปรากฏการณ์พระป่า” สายธรรมยุตออกมาเรียกร้องให้ยกเลิกเงื่อนไขดังกล่าว และเรียกร้องให้ถวายคืน “พระราชอำนาจ” ในการแต่งตั้งสมเด็จพระสังฆราชให้เป็นไปตามพระราชศรัทธาดังโบราณราชประเพณี ซึ่งนับเป็นปรากฏการณ์ใหม่ในประวัติศาสตร์คณะสงฆ์ไทย แต่ก่อนพระป่ามักมุ่งความสงบวิเวกเป็นหลัก ไม่เคยแสดงความเห็นหรือออกมาเคลื่อนไหวใดๆ ในประเด็นอำนาจและสมณศักดิ์ มักมีท่าทีไม่ให้ความสำคัญกับเรื่องดังกล่าวเลยด้วยซ้ำ

อันที่จริง “การต่อสู้เชิงอำนาจ” ผ่าน “กฎหมาย” ไม่ใช่จะมีเฉพาะธรรมยุตกับมหานิกายที่ต่อสู้กันผ่านกฎหมายสงฆ์ 3 ฉบับดังกล่าวแล้ว ยังมีการพาดพิงถึงศาสนาอื่นด้วย เช่นมีการอ้างว่าศาสนาอิสลามออกกฎหมายต่างๆ เพื่อสิทธิประโยชน์ของตัวเองได้มากกว่า ฉะนั้น จึงต้องมีการออกกฎหมายอุปถัมภ์และคุ้มครองพุทธศาสนา บัญญัติพุทธศาสนาประจำชาติในรัฐธรรมนูญเป็นต้น นี่ก็เป็นข้ออ้างในกลุ่มที่ผลักดันเรื่องนี้

แต่ดังที่กล่าวแล้วตั้งแต่แรกว่า การแยกนิกายและการวิพากษ์วิจารณ์โจมตีกันระหว่างศาสนาและนิกายศาสนา มีมาตลอดในประวัติศาสตร์ มันไม่ใช่ปัญหาในตัวมันเอง ซ้ำยังมีข้อดีที่ทำให้เกิดความเชื่อ แนวปฏิบัติที่หลากหลาย ก่อให้เกิดพัฒนาการทางปัญญาที่สอดคล้องยืดหยุ่นในบริบทของสังคมและยุคสมัยต่างๆ แต่ปัญหาระดับ “รากฐาน” จริง อยู่ที่รัฐให้อำนาจทางกฎหมายแก่คณะสงฆ์ และมีการบัญญัติกฎหมายที่ทำให้เกิดความไม่เสมอภาคระหว่างนิกายขึ้น จึงเป็นเหตุให้มีการต่อสู้เชิงอำนาจผ่านการบัญญัติกฎหมายตลอดมา

ปัญหาดังกล่าจะสามารถแก้ได้อย่างถาวร ก็ต่อเมื่อ “แยกศาสนาจากรัฐ” อาจมีตำแหน่งสมเด็จพระสังฆราชเป็นสัญลักษณ์ทางประวัติศาสตร์และวัฒนธรรม แต่ไม่ควรมีอำนาจทางกฎหมาย พระสงฆ์ทั่วไปควรมีอิสระปกครองตนเองตามหลักธรรมวินัยและกฎเกณฑ์ที่สำนัก วัด หรือสายครูอาจารย์ต่างๆร่วมกันกำหนดขึ้น ซึ่งจะทำให้พุทธศาสนาเจริญงองกงามอย่างเคารพความแตกต่างหลากหลาย และสอดคล้องกับสังคมประชาธิปไตยสมัยใหม่