สนช. มีมติผ่านวาระ 3 พ.ร.ป.ว่าด้วยการตรวจเงินแผ่นดิน ปรับแก้มาตรา 7 วรรค 3 ให้อำนาจ สตง. ตรวจสอบ ป.ป.ช. เบื้องต้นตามหลักเกณฑ์ของ ป.ป.ช. และต้องไม่กระทบการทำงานของ ป.ป.ช. หากกระทบ ป.ป.ช. สั่งยุติการตรวจสอบได้ แล้วส่งเรื่องให้ ป.ป.ช. ดำเนินการตรวจสอบต่อไปเอง

เมื่อวันที่ 19 ต.ค. 2560 สำนักข่าวไทย และเว็บข่าวรัฐสภา รายงานตรงกันว่า ที่ประชุมสภานิติบัญญัติแห่งชาติ(สนช.)  ได้พิจารณาร่างพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการตรวจเงินแผ่นดิน พ.ศ. .... ในวาระ 2 และ 3 รายมาตรา ซึ่งคณะกรรมาธิการวิสามัญพิจารณาเสร็จแล้ว มีจำนวนทั้งสิ้น 114 มาตรา

โดยประเด็นที่สมาชิก สนช.ถกเถียงกันมากคือ บทบัญญัติในมาตรา 7 วรรค 3 ที่กำหนดให้ผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน มีอำนาจไต่สวนเบื้องต้นตามหลักเกณฑ์และวิธีการที่คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) กำหนด กรณีตรวจพบว่าเจ้าหน้าที่ของ ป.ป.ช. กระทำการอันเป็นการทุจริตต่อหน้าที่หรือกระทำความผิดต่อตำแหน่งราชการ

โดยธิติพันธุ์ เชื้อบุญชัย กรรมาธิการเสียงข้างน้อยในสัดส่วนของกรรมการร่างรัฐธรรมนูญ (กรธ.) ชี้แจงถึงเจตนารมณ์ในการบัญญัติประเด็นนี้ว่า เพื่อให้เกิดการตรวจสอบ ถ่วงดุล การทำหน้าที่ของเจ้าหน้าที่ ป.ป.ช. ให้โปร่งใส เพราะกรณีเกิดการกระทำความผิดในระดับเจ้าหน้าที่ ป.ป.ช. ไม่มีหน่วยงานอื่นเข้าไปตรวจสอบ พร้อมยอมรับว่าการให้อำนาจ สตง.เข้าไปตรวจสอบได้เช่นเดียวกับ ป.ป.ช. อาจขัดหรือแย้งกับอำนาจ ป.ป.ช.ที่มีอยู่ในรัฐธรรมนูญ กรธ.จึงได้ให้อำนาจไต่สวนเบื้องต้นเท่านั้น ส่วนการวินิจฉัยให้เป็นอำนาจ ป.ป.ช.ตามเดิม

ขณะที่กล้านรงค์ จันทิก กรรมาธิการเสียงข้างมาก ชี้แจงเหตุผลของการเสนอตัดวรรค 3 ทิ้งว่า การให้ผู้ว่าการฯ เข้ามาไต่สวนเจ้าหน้าที่ ป.ป.ช.ที่ทุจริตได้นั้น เป็นการก้าวล่วงอำนาจการทำงานของ ป.ป.ช. และอาจส่งผลกระทบต่อการไต่สวนคดีที่มีบุคคลหรือองค์กรอื่นล่วงรู้ความลับในสำนวนได้ และอาจทำให้เกิดความขัดแย้งต่อการตรวจสอบของ 2 องค์กร และกระทบต่อการตรวจสอบทุจริตของ ป.ป.ช. ทันที  พร้อม ไม่ส่งผลต่อการตรวจสอบถ่วงดุลของ ป.ป.ช. 

ผู้สื่อข่าวรายงานว่า สมาชิก สนช. อภิปรายแสดงความเห็นด้วยกับเหตุผลของทั้งสองฝ่าย จึงเสนอให้ปรับถ้อยคำให้ ป.ป.ช. และ สตง. สามารถใช้กลไกร่วมกันได้ โดยไม่เกิดความขัดแย้งต่อการทำงานของ 2 องค์กรและไม่ให้เกิดการก้าวล่วงในสำนวนของ ป.ป.ช. โดยภายหลังถกเถียงกันนานเกือบ 2 ชั่วโมง ในที่สุดกรรมาธิการเสียงข้างมาก ยอมปรับเนื้อหาในวรรค 3 ของมาตรา 7 เป็น ในกรณีที่ผู้ว่าการ สตง. ตรวจสอบการใช้เงินแผ่นดินแล้วพบหลักฐานอันเชื่อได้ว่าเจ้าหน้าที่ ป.ป.ช.ทุจริตต่อหน้าที่ให้แจ้งคณะกรรมการ ป.ป.ช. ทราบและให้ผู้ว่าการ สตง. มีอำนาจไต่สวนเบื้องต้นตามหลักเกณฑ์ที่ ป.ป.ช.กำหนด แต่ต้องไม่กระทบต่อการปฏิบัติหน้าที่ของเจ้าหน้าที่ ป.ป.ช.  ทั้งนี้หากคณะกรรมการ ป.ป.ช.เห็นว่า การดำเนินการของผู้ว่าการ สตง. กระทบต่อการปฏิบัติหน้าที่ของเจ้าหน้าที่ ป.ป.ช. สามารถแจ้งให้ผู้ว่าการ สตง. ยุติการไต่สวนเบื้องต้น เพื่อส่งเรื่องให้ ป.ป.ช.ดำเนินการต่อไป ซึ่งที่ประชุมเห็นชอบกับการแก้ไขดังกล่าว

อย่างไรก็ตามหลังใช้เวลาในการพิจารณาร่วม 9 ชั่วโมง ที่ประชุมสภานิติบัญญัติแห่งชาติมีมติเห็นชอบร่างพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการตรวจเงินแผ่นดิน พ.ศ. ....  ในวาระ 3 ด้วยคะแนนเสียง เห็นด้วย 170 เสียง ไม่เห็นด้วย ไม่มี งดออกเสียง  4 เสียง และเห็นด้วยกับข้อสังเกตของคณะกรรมาธิการฯ จากนั้น จะจัดส่งให้องค์กรอิสระที่เกี่ยวข้อง ได้แก่ คณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน และคณะกรรมการร่างรัฐธรรมนูญเพื่อพิจารณาต่อไปตามรัฐธรรมนูญ มาตรา 267