เมื่อเวลาประมาณ 06.00 น. วันที่ 9 สิงหาคม 2548 ขณะที่ชุดลาดตระเวนเส้นทางรถไฟสายหาดใหญ - สุไหงโก - ลก ออกตรวจทางด้วยรถตรวจทางโรเบลล์ จากสถานีรถไฟหาดใหญ่ ตามปกติเมื่อมาถึงบริเวณสะพานก่อนถึงสถานีรถไฟจะนะ ประมาณ
จาการตรวจสอบ พบว่าคนร้ายนำท่อซิเมนต์วางตรงหัวสะพานฝั่งสถานีรถไฟวัดควนมีด 1 แท่ง กลางสะพาน 1 แท่ง และนำเศษไม้วางกองตรงหัวสะพานฝั่งสถานีรถไฟจะนะ 1 กองและก่อนถึงสะพานอีก 1 กอง รวม 4 จุด โดยใช้เศษหญ้าวางคลุมเพื่อพลางสายตา แต่ไม่พบวัตถุระเบิดซุกซ่อนไว้ จึงนำแท่งซิเมนต์และเศษไม้ออก พร้อมแจ้งเปิดทางให้ขบวนรถไฟทั้งขาขึ้นและขาล่อง วิ่งได้ตามปกติ ในเวลาประมาณ 08.35 หลังจากที่ต้องหยุดเดินรถทุกขบวนกว่า 3 ชั่วโมงเศษ คาดว่าเป็นการก่อความไม่สงบโดยต้องการให้รถไฟตกราง