เมื่อเวลา 09.20 น. วันที่ 13 กันยายน 2548 ที่จังหวัดนราธิวาส มีการประชุมกำนัน ผู้ใหญ่บ้าน 75 ตำบล 504 หมู่บ้าน เรื่องบทบาทของกำนัน - ผู้ใหญ่บ้านกับการรักษาความสงบเรียบร้อยในจังหวัดนราธิวาส โดยนายประชา เตรัตน์ ผู้ว่าราชการจังหวัดนราธิวาส เป็นผู้บรรยาย

นายประชา ระบุว่า ตลอดเวลาที่เกิดเหตุการณ์ความไม่สงบขึ้นในจังหวัดนราธิวาส ตั้งแต่ต้นปี 2547 เป็นต้นมา ตนมีข้อมูลชัดเจนว่า มีกำนัน - ผู้ใหญ่บ้านบางคน เป็นแนวร่วมผู้ก่อความไม่สงบ จึงขอให้เลิกพฤติกรรมดังกล่าว มิเช่นนั้นจะมีการลงโทษทางวินัย หรือให้ออกจากราชการ ส่วนคนที่มีผลงานดีเด่นทางจังหวัดจะปูนบำเหน็จให้เป็นกำนันแหนบทองคำ

ก่อนหน้านี้ กำนัน - ผู้ใหญ่บ้านในจังหวัดนราธิวาส ได้มีหนังสือถึงรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ขอให้กำนัน - ผู้ใหญ่บ้าน สามารถเป็นอาสาสมัคร และได้รับเงินเดือนอาสาสมัครได้อีกทางหนึ่ง โดยให้เหตุผลว่าปัจจุบันงานของกำนัน - ผู้ใหญ่บ้านมีมาก แต่ได้รับเงินเดือนน้อย ขณะนี้รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยเห็นด้วยในหลักการแล้ว

ช่วงเช้าวันเดียวกัน สถานีตำรวจภูธรอำเภอรือเสาะ จังหวัดนราธิวาส ได้รับแจ้งพบวัตถุต้องสงสัยภายในป่าละเมาะข้างสวนลองกอง หมู่ที่ 3 บ้านยือราแป ตำบลสุวารี อำเภอรือเสาะ จากการตรวจสอบพบเครื่องกระสุนปืนชนิดเอ็ม 16 จำนวน 734 นัด กระสุนปืนคาร์บิน 17 นัด ระเบิดขว้างไม่ทราบชนิด 1 ลูก แมกกาซีนเอ็ม 16 จำนวน 4 ซอง

ต่อมา เวลา 11.10 น. วันเดียวกัน ขณะนายพรรษา ทองแดง ชุดรักษาความปลอดภัยหมู่บ้าน อายุ 23 ปี อยู่บ้านเลขที่ 45 บ้านเชิงเขา หมู่ที่ 4  ตำบลปาลุกาสาเมาะ อำเภอบาเจาะ จังหวัดนราธิวาส ขับรถจักรยานยนต์กลับจากทำธุระ มาถึงบริเวณถนนภายในบ้านตาโละกา หมู่ที่ 3 ตำบลปาลุกาสาเมาะ มีคนร้าย 2 คน ขับรถจักรยานยนต์ฮอนด้าเวฟ สีดำ เป็นพาหนะใช้อาวุธปืนพกสั้นประกบยิงนายพรรษา กระสุนเฉี่ยวเสื้อคลุมตัวนอกเป็นรอยขาดเล็กน้อย นายพรรษาจึงไม่ได้รับบาดเจ็บ

บ่ายวันเดียวกัน ขณะที่นายเจริญ เท่งประกิจ อายุ 48 ปี ตำแหน่งอาจารย์ 2 ระดับ 7 โรงเรียนบ้านป่าใส ตำบลวังพญา อำเภอรามัน จังหวัดยะลา ขับรถจักรยานยนต์กลับบ้านพัก ห่างจากที่เกิดเหตุประมาณ 4 กิโลเมตร มาตามถนนภายในหมู่บ้าน ถึงบ้านอูเป๊าะ หมู่ที่ 4 ตำบลวังพญา อำเภอรามัน มีคนร้าย 2 คัน ขับรถจักรยานยนต์ประกบจากด้านหลัง ใช้อาวุธปืนพกสั้นไม่ทราบขนาดยิงใส่ 3 นัด เข้าที่บริเวณสีข้างซ้ายทะลุขวา 1 นัด ได้รับบาดเจ็บสาหัส อีก 2 นัดพลาดเป้า นายเจริญ แข็งใจขับรถไปขอความช่วยเหลือที่บ้านกำนัน แต่กำนันไม่อยู่บ้าน ชาวบ้านจึงได้ช่วยกันนำส่งโรงพยาบาลรามัน และถูกส่งต่อไปยังโรงพยาบาลศูนย์ยะลา

ทั้งนี้ เมื่อเวลา 10.00 น.วันเดียวกัน น.ส.บานจิตร บุญศิริ อายุ 31 ปีอยู่บ้านเลขที่ 56 หมู่ที่ 6 ตำบลทุ่งตำเสา อำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา พนักงานทำความสะอาดสถานีรถไฟหาดใหญ่ จากบริษัท เอเชียคลีนนิ่งเซอร์วิส จำกัด เปิดเผยว่า ช่วงบ่ายวันที่ 12 กันยายน 2548 ขณะกำลังทำความสะอาดบริเวณชานชาลาที่ 1 ของสถานีรถไฟหาดใหญ่ พบกระเป๋าหนังสีดำวางไว้ใต้เก้าอี้ที่พักผู้โดยสาร เมื่อเปิดดูพบเงินสดเป็นธนบัตรต่างประเทศจำนวนมากอยู่ภายในกระเป๋า พร้อมเอกสารภาษาต่างประเทศ จึงนำไปมอบให้นายสถานีรถไฟหาดใหญ่

รายงานข่าวแจ้งว่า ต่อมา นายสถานีรถไฟหาดใหญ่ ได้นำเงินพร้อมเอกสารดังกล่าว ไปมอบให้สถานีตำรวจรถไฟหาดใหญ่ กองกำกับการ 2 กองบังคับการตำรวจรถไฟ พร้อมกับลงบันทึกไว้เป็นหลักฐาน สำหรับจำนวนเงินที่เก็บได้ทั้งหมดประมาณ 3,500,000 บาท เป็นเงินสกุลในประเทศแถบตะวันออกกลาง

บ่ายวันเดียวกัน นายสุวโรจน์ พะลัง กรรมาธิการยุติธรรม สมาชิกสภาผู้แทนราษฎร พร้อมเจ้าหน้าที่และสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ประมาณ 15 คน ได้เดินทางไปยังสถานกักกันคนหลบหนีเข้าเมือง อำเภอตาเนาะแมเราะ รัฐกลันตัน ประเทศมาเลเซีย เพื่อดูความเป็นอยู่ชาวนราธิวาส 131 คน ที่เข้าไปขออพยพในมาเลเซีย

นายสุโข ภิรมย์นาม กงสุลประจำเมืองโกตาบารู บรรยายสรุปว่า ฝ่ายไทยไม่สามารถเข้าไปสวบสวน ทั้ง 131 คน ทุกอย่างเจ้าหน้าที่มาเลเซีย และยูเอ็นเอชซีอาร์ เป็นผู้ดำเนินการเพียงลำพัง

เจ้าหน้าที่จากการทรวงต่างประเทศของไทย ได้พบตัวแทนของคนไทยมุสลิม 4 คน เป็นเวลาเพียง 10 นาที โดยคนเหล่านั้นยืนยันว่าต้องการลี้ภัยในประเทศมาเลเซีย และจากการตรวจสอบรายชื่อของคนทั้ง 131 คน ที่ทางมาเลเซียนำมาให้ตรวจสอบ ปรากฎว่าไม่พบชื่อของแนวร่วมที่มีหมายจับ เช่น นายมือเยาะ สะอุ อดีตผู้ใหญ่บ้าน ต.โต๊ะเด็ง ซึ่งมีค่าหัว 500,000 บาท และไม่ทราบว่าชื่อเหล่านั้นจริงหรือปลอม แต่จากการเข้าไปดูในสถานที่กักกัน พบว่าคนทั้ง 131 คน มีความเป็นอยู่ที่ดีมาก มีการแบ่งกลุ่มชาย - หญิง ไม่ให้ปะปนกัน อาการการกินสมบูรณ์

หลังจากนั้นคณะกรรมาธิการยุติธรรมและสิทธิมนุษย์ชน ได้เดินทางเข้าเยี่ยม ดาโต๊ะนิ อาซิ มุขมนตรีของรัฐกลันตัน ที่ทำการรัฐกลันตัน ซึ่งมุขมนตรีรัฐกลันตัน ได้กล่าวถึงปัญหาการขอลี้ภัยของคนทั้ง 131 คนว่า ขณะนี้เป็นอำนาจในการชี้ขาดของรัฐบาลกลางมาเลเซีย ตนเชื่อว่าสาเหตุที่ทำให้คนไทยมุสลิมใน จ.นราธิวาส มีการลี้ภัยเป็นเพราะการบังคับใช้ พรก.ฉุกเฉินของรัฐบาล ทำให้เกิดความกดดันหวาดกลัว ดังนั้นตนจึงคิดว่า รัฐบาลไทย ควรจะเลิกใช้ พรก.ฉุกเฉิน มาบังคับใช้กับคนใน 3 จังหวัดเหตุการณ์น่าจะดีขึ้น

ส่วนที่สถานที่กักกันผู้หลบหนีเข้าเมืองจังหวัดตาเนาะแมเราะ ซึ่งคนไทยมุสลิมทั้ง 131 คน ถูกควบคุมตัวอยู่นั้น นายสุทธิพันธ์ ศรีริกานนท์ คนสนิทของนายวันมูหะมัดนอร์ มะทา ที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี และดาโต๊ะ อันวา มูซอ ประธานสาขาพรรคอัมโน ซึ่งเป็นพรรครัฐบาลในรัฐกลันตัน ได้เดินทางไปยังสถานที่กักกัน โดยเข้าไปตรวจเยี่ยมคนทั้งหมด และได้มีการซักถามเจ้าหน้าที่ ผู้ควบคุมดูแลคนไทยมุสลิมทั้งหมด

ดาโต๊ะ อันวา มูซอ เปิดเผยว่า เป็นการมาเยี่ยม และสอบถามข้อเท็จจริงบางอย่าง ที่ต้องการทราบจากคนทั้งหมด ซึ่งยังคงยืนยันว่าจะขอลี้ภัยอยู่ในประเทศมาเลเซีย สำหรับสถานะของคนทั้งหมดเป็นผู้ลี้ภัยชั่วคราว เพราะยังไม่มีการดำเนินคดีในข้อหาหลบหนีเข้าเมือง