เมื่อวันที่ 13 พฤศจิกายน 2548 นายอานันท์ ปันยารชุน ประธานคณะกรรมการอิสระเพื่อความสมานฉันท์แห่งชาติ (กอส.) และคณะ พร้อมด้วยนายภานุ อุทัยรัตน์ ผู้ว่าราชการจังหวัดปัตตานี เดินทางไปนมัสการพระอุดม ธรรมคณี เจ้าอาวาสวัดหลักเมืองปัตตานี เพื่อรับทราบปัญหา โดยนายอานันท์รับปากจะนำข้อเสนอ 20 ข้อของคณะสงฆ์ปัตตานีไปพิจารณา เพราะเห็นด้วยกับข้อเสนอในบางข้อ แล้วนำเสนอต่อรัฐบาลต่อไป

จากนั้นนายอานันท์ พร้อมคณะเดินทางไปนมัสการเจ้าอาวาสวัดพรหมประสิทธิ์ อำเภอปะนาเระ จังหวัดปัตตานี เพื่อให้กำลังใจและสอบถามถึงเหตุการณ์ที่พระภิกษุและเด็กวัดถูกทำร้ายจนเสียชีวิต รวมทั้งไปดูที่จุดเกิดเหตุด้วย จากนั้นในช่วงบ่ายนายอานันท์ พร้อมคณะได้เดินทางไปที่วิทยาลัยอิสลามยะลา

ก่อนหน้านี้ เมื่อวันที่ 12 พฤศจิกายน 2548 ที่โรงแรมซี.เอส.ปัตตานี ได้มีการประชุมคณะกรรมการอิสระเพื่อความสมานฉันท์แห่งชาติ (กอส.) จากนั้นในช่วงเย็น นายอานันท์ ได้พบกับสื่อมวลชนท้องถิ่น โดยนายอานันท์กล่าวว่า หลังจากการประชุมในครั้งนี้แล้ว กอส.จะประชุมกันทุกวันจันทร์ที่เหลืออีกประมาณ 10 สัปดาห์ จนกว่าจะพิจารณาร่างฉบับสมบูรณ์ โดยนัดแรกจะประชุมในวันที่ 28 พฤศจิกายน ต่อจากนั้นอีก 4 สัปดาห์จะมีการพิจารณาร่างฉบับที่ 2 ซึ่งแต่ละร่างจะมีการหารือกันประมาณ 5-6 ครั้ง และร่างสุดท้ายจะพิจารณาเสร็จในช่วงต้นเดือนกุมภาพันธ์ 2549 และจะใช้เวลา 14-15 วัน เพื่อเสนอนายกรัฐมนตรี และจากนั้นจะใช้เวลา 3 สัปดาห์ในการแปลเป็นภาษาอังกฤษ และมลายู เพื่อเผยแพร่ให้ประชาชนรับทราบต่อไป ส่วนรัฐบาลจะรับไปปฏิบัติหรือไม่นั้นตนไม่ทราบขึ้นอยู่กับรัฐบาลเอง

สำหรับโครงการมหกรรมสันติวิธี ที่จะจัดขึ้นระหว่างวันที่ 14-16 พฤศจิกายน 2548 ที่จังหวัดปัตตานี มีกำหนดการดังนี้ วันแรกเริ่มเวลา 09.00 น. ที่โรงแรมซี.เอส.ปัตตานี มีนายพลากร สุวรรณรัตน์ องคมนตรีเป็นประธานเปิดงาน จากนั้นต่อด้วยการกล่าวปาฐกถานำโดย พระไพศาล วิสาโล อนุกรรมการจัดการความขัดแย้งด้วยสันติวิธี คณะกรรมการอิสระเพื่อความสมานฉันท์แห่งชาติ ส่วนในช่วงบ่ายมีการแบ่งกิจกรรมกลุ่มย่อย ดังนี้

ที่โรงแรมซี.เอส.ปัตตานี การสัมมนาเชิงปฏิบัติการ "ธรรมาภิบาลการจัดการทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม และสิทธิมนุษยชน บรรทัดฐานการป้องกันความขัดแย้งและส่งเสริมสันติสุขในสังคมไทย การสัมมนา "สันติภาพ สุขภาวะกับความมั่นคงของมนุษย์ จากมุมมองชายหญิง"การเสวนา "เครือข่ายยุติธรรมชุมชน" การอบรมเชิงปฏิบัติการ "ค่ายอบรมเยาวชนเพื่อสันติภาพ" การเสวนา "กระบวนทัศอิสลามกับการพัฒนา"

การอบรมเชิงปฏิบัติการ "การสื่อสารด้วยความรักและสันติ" การประชุมเชิงปฏิบัติการ "รูปแบบการสร้างค่านิยมสันติวิธี ร่วมกับจริยธรรมในระบบการสอน" การสานเสวนา "ปัจจัยที่ทำให้การไกล่เกลี่ยประสบความสำเร็จ"

ที่โรงแรมซ์เทิร์นวิว อำเภอเมือง จังหวัดปัตตานี การสานเสวนาเพื่อการแก้ปัยหาความเดือดร้อนของชาวบ้านควนดนรี : ปัญหาขยะ การประชุมเสวนา "งานสาธารณสุขกับบทบาทการสนับสนุนสันติสุขใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้"

และที่มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี เวทีเสวนา "ศาสนธรรม ผู้หญิงกับการเยียวยา" ส่วนในวันที 15 พฤศจิกายน 2548 เป็นกิจกรรมต่อเนื่องจากวันแรก

ในวันที่ 16 พฤศจิกายน 2548 ที่โรงแรมซี.เอส.ปัตตานี เริ่มเวลา 08.30 น.มีการเสนอผลการจัดกิจกรรมกลุ่ม ส่วนช่วงบ่ายเป็นการระดมความเห็น "การสร้างเครือข่ายสันติวิธี" นำเสนอภาพรวมของมหกรรมสันติวิธี และข้อเสนอต่อรัฐบาล