28 เมษายน 2549 เวลา 15.00 น. ศาลมีคำสั่งอนุญาตให้ออกหมายจับนายสนธิ ลิ้มทองกุล แกนนำพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย ผู้ต้องหาคดีหมิ่นพระบรมเดชานุภาพ ตามที่พนักงานสอบสวนสำนักงานตำรวจแห่งชาติขออนุมัติ โดยศาลพิเคราะห์แล้วเห็นว่า กรณีมีหลักฐานตามสมควรว่านายสนธิ ผู้ต้องหา น่าจะได้กระทำความผิดอาญา ซึ่งมีอัตราโทษจำคุกอย่างสูงเกิน 3 ปี

ทั้งนี้การออกหมายศาลดังกล่าว สืบเนื่องจาก เมื่อวันที่ 10 เมษายน 2549 พนักงานสอบสวนมีหมายเรียกให้ผู้ต้องหาไปรับทราบข้อกล่าวหาในวันที่ 17 เมษายน แต่ผู้ต้องหาไม่ไปตามหมายเรียก ต่อมาวันที่ 18 เมษายน พนักงานสอบสวนมีหมายเรียกให้ผู้ต้องหาไปรับทราบข้อกล่าวหาในวันที่ 24 หรือ 25 เมษายน 2549 แต่ผู้ต้องหายังคงไม่ไปตามหมายเรียกอีก

โดยผู้ต้องหาได้ให้ นายสุวัตร อภัยภักดิ์  ทนายความ แจ้งแก่พนักงานสอบสวนว่า มีเหตุจำเป็นไม่สามารถไปพบพนักงานสอบสวนตามกำหนดนัดในวันที่ 17 พฤษภาคม 2549 ได้ อย่างไรก็ตาม เนื่องจากผู้ต้องหาเดินทางจากประเทศจีนถึงประเทศไทย วันที่ 11 เมษายน 2549 และมีกำหนดการปราศรัยที่จังหวัดสระแก้วในวันที่ 17-18 เมษายน และปราศรัยที่ จ.ตรัง ภูเก็ต นครราชสีมา อ.สมุย จ.สุราษฎร์ธานี ตั้งแต่วันที่ 20-25 เมษายน แสดงว่า ตั้งแต่วันที่ 11 เมษายน ซึ่งเป็นวันที่ผู้ต้องหาเดินทางกลับถึงประเทศไทยจนถึงวันที่ 25 เมษายน อันเป็นวันที่พนักงานสอบสวนนัดให้ผู้ต้องหาไปรับทราบข้อกล่าวหาตามหมายเรียก ซึ่งผู้ต้องหาไม่มีกำหนดการปราศรัยตามสถานที่ต่างๆ ทุกวัน และไม่ปรากฏข้อเท็จจริงจากคำแถลงของทนายความผู้ต้องหาว่า วันที่ไม่กำหนดปราศรัยผู้ต้องมีภารกิจจำเป็นอยู่ที่ใด

ดังนั้นหากผู้ต้องหามีเจตนาไปรับทราบข้อกล่าวหาจริง ย่อมสามารถติดต่อขอไปพบพนักงานสอบสวนในวันที่ผู้ต้องหาไม่มีภารกิจสำคัญได้โดยไม่ยาก แต่ผู้ต้องหาก็ไม่ดำเนินการ ด้วยเหตุดังกล่าว พนักงานสอบสวนขออำนาจศาลออกหมายจับนายสนธิ ลิ้มทองกุล และศาลได้พิจารณาออกให้ตามขอ

ด้านนายสุวัตร อภัยภักดิ์ ทนายความนายสนธิกล่าวว่า ภายหลังทราบว่าศาลอนุมัติหมายจับ ได้ติดต่อให้นายสนธิเข้ามอบตัวที่กองบังคับการกองปราบปราม พร้อมทั้งได้เตรียมหลักทรัพย์เพื่อขอประกันตัวแล้ว ซึ่งไม่รู้สึกหนักใจ เนื่องจากเพิ่งจะเริ่มเข้าสู่กระบวนการยุติธรรมขั้นต้น ส่วนการชุมนุมวันที่ 2 พฤษภาคมนั้น ก็จะยังคงมีการชุมนุมต่อไป โดยจะยึดตามแนวพระราชดำรัสของพระบาทสมเด็จพระเจ้าหัว