31 ส.ค. 2549 เมื่อเวลา 11.30 น. เกิดเหตุระเบิดธนาคาร ในเวลาไล่เลี่ยกันในเขตอ.เมือง ยะลา และอ.ยะหา  กว่า 20 แห่ง นายบุญยสิทธิ์ สุวรรณรัตน์ ผู้ว่าราชการจังหวัดยะลากล่าวว่า เบื้องต้นสามารถสรุปได้ว่า กลุ่มคนร้ายได้เข้าก่อเหตุธนาคารทั้งสิ้น 22 แห่ง ประกอบด้วย อ.เมือง 10 แห่ง เบตง 6 แห่ง ยะหา 2 แห่ง บันนังสตา 2 แห่ง และรามัน 2 แห่ง

ทั้งนี้ มีผู้เสียชีวิตจากเหตุการณ์ดังกล่าว 1 ราย คือ พ.ต.สุชาติ ศรีทองอ่อน เจ้าหน้าที่ฝ่ายการเงินในสังกัดกองอำนวยการเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ (กอ.สสส.จชต.) นอกจากนั้น ยังมีผู้ได้รับบาดเจ็บสาหัส 4 รายและบาดเจ็บเล็กน้อยอีก 26 ราย

ผู้ว่าราชการจังหวัดยะลา ยอมรับว่าเหตุการณ์ความไม่สงบที่เกิดขึ้นตรงกับข้อมูลของหน่วยข่าวกรองที่ระบุว่าฝ่ายตรงข้ามจะเข้าก่อเหตุในวันที่ 31 สิงหาคม ซึ่งเป็นวันครบรอบวันสถาปนาของกลุ่มเบอร์ซาตู ทางจังหวัดเองได้มีการประชุมหามาตรการในการรักษาความปลอดภัยและพยายามแจ้งเตือนทุกหน่วยงานและทุกองค์กรในพื้นที่มาโดยตลอด แต่ปัญหาที่พบคือคนในพื้นที่ส่วนใหญ่ไม่ค่อยมีความเชื่อมั่นกับข้อมูลที่หน่วยข่าวแจ้งมา

ด้าน พล.ท.องค์กร ทองประสม แม่ทัพภาค 4 เปิดเผยว่า เป้าหมายคือธนาคารในพื้นที่ ผู้ก่อความไม่สงบใช้วัยรุ่นแต่งกายคล้ายนักศึกษา นำหนังสือที่มีความหนามาเจาะแล้วซุกระเบิดไว้ด้านใน จุดชนวนระเบิดด้วยโทรศัพท์มือถือ นำไปวางไว้ตามจุดต่างๆ ในธนาคาร หรือบริเวณภายนอกธนาคาร และส่วนหนึ่งจะใช้กระเป๋าถือของสตรี ไปวางไว้ตามจุดต่างๆ เบื้องต้นขณะนี้กำลังทหารทั้งหมดในพื้นที่ยะลา เข้าควบคุมสถานการณ์ได้หมดแล้ว โดยใช้กำลังตรึงสถาบันการเงินทุกแห่งที่ยังไม่เกิดเหตุ ส่วนจุดที่เกิดเหตุกำลังอยู่ระหว่างการเคลียร์พื้นที่ และล่าสุด จับผู้ต้องสงสัยได้ 2 รายอยู่ระหว่างการขยายผลต่อไป

พล.ท.องค์กร  กล่าวว่า ก่อนเกิดเหตุการณ์ก่อความไม่สงบครั้งนี้ ทางราชการได้รับการเตือนล่วงหน้าแล้ว แต่กำลังทหารมุ่งไปรักษาความปลอดภัยสถานที่ราชการ และบุคคลสำคัญในพื้นที่เพราะไม่คาดคิดว่ากลุ่มผู้ก่อการ จะลงมือกับธนาคาร เพราะธนาคารในพื้นที่เป็นเพื่อนกับประชาชน