เมื่อเวลาประมาณ 21.20 น. วันที่ 16 กันยายน 2549 ได้เกิดเหตุระเบิดในตัวเมืองหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา 6 จุด ในเวลาไล่เลี่ยกัน โดยที่บริเวณหน้าห้างโอเดียน ช็อปปิ้ง มอลล์ เกิดเหตุระเบิด 3 จุด จุดที่ 4 ที่บริเวณห้างสรรพสินค้าและโรงแรมลีการ์เด้นส์ พลาซ่า ทั้ง 2 ห้าง ตั้งอยู่ในย่านดาวน์ทาวน์ใจกลางเมืองหาดใหญ่ จุดที่ 5 ห้างไดอาน่า จุดที่ 6 บริเวณห้างบิ๊กซี บริเวณชานเมือง ในเขตเทศบาลนครหาดใหญ่ หลังเกิดเหตุเจ้าหน้าที่ได้ตัดสัญญาณโทรศัพท์มือถือทุกระบบทันที

ต่อมา เวลา 23. 00 น. เศษ วันเดียวกัน นายแพทย์ปราชญ์ บุญยวิโรจน์ ปลัดกระทรวงสาธารณสุข เปิดเผยว่า มีผู้เสียชีวิตจากเหตุระเบิดครั้งนี้ 2 คน ยังไม่ทราบชื่อ ส่วนผู้บาดเจ็บได้กระจายกันเข้ารักษาตัวที่โรงพยาบาลสงขลานครินทร์ โรงพยาบาลศูนย์หาดใหญ่ โรงพยาบาลราษฎร์ยินดี โรงพยาบาลกรุงเทพหาดใหญ่แล้ว 67 ราย ขณะนี้กำลังระดมแพทย์ปฐมพยาบาลเบื้องต้น และช่วยชีวิตผู้ได้รับบาดเจ็บสาหัสอยู่ ตนยืนยันว่าจำนวนแพทย์และบุคลากร อุปกรณ์ เลือด และเวชภัณฑ์ต่างๆ มีจำนวนเพียงพอ

พล.ท.องค์กร ทองประสม แม่ทัพภาคที่ 4 เปิดเผยว่า ได้สั่งการให้มณฑลทหารบกที่ 42 ซึ่งมีตั้งอยู่ที่อำเภอหาดใหญ่ เข้าช่วยเหลือโดยด่วนแล้ว พร้อมสั่งให้ชุดเก็บกู้ระเบิดจากจังหวัดปัตตานี ส่งทีมไปช่วยเหลือด้วย ที่ผ่านมา ตนได้ประสานให้ทุกฝ่ายเตรียมรับมือกลุ่มก่อความไม่สงบใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้อย่างเข้มงวดมาตลอด โดยเฉพาะช่วงที่มีข่าวฝ่ายตรงข้ามจ้องจะปฏิบัติการ ระหว่างวันที่ 16 - 20 กันยายน 2549 ยิ่งกำชับให้วางแผนรับมือเข้มขึ้นไปอีก

"เราหารือกับทุกหน่วยงานที่เกี่ยวข้องมาตลอด โดยให้ความสำคัญกับพื้นที่หาดใหญ่อย่างต่อเนื่อง มีการปรึกษากับผู้ว่าราชการจังหวัดสงขลา และผู้บัญชาการตำรวจภาค 9 เพราะเกรงจะกระทบภาพลักษณ์ของการท่องเที่ยว เมื่อเกิดเหตุการณ์อย่างนี้ต้องยอมรับว่า กระทบกับการท่องเที่ยวเมืองหาดใหญ่แน่นอน" พล.ท.องค์กรกล่าวและว่า

พล.ท.องค์กร กล่าวว่า ตนต้องขอความร่วมมือพี่น้องประชาชนในพื้นที่ ช่วยกันเป็นหูเป็นตาช่วยเฝ้าระวัง แจ้งเบาะแส หรือให้ข้อมูลบุคคลที่มีลักษณะแปลกปลอมเข้ามาในพื้นที่ ในส่วนของเจ้าหน้าที่คงจะต้องทบทวนมาตรการให้รัดกุมยิ่งขึ้น