โดยกรีนพีซได้ยื่นฟ้องต่อศาลปกครองเพื่อให้มีการเพิกถอนคำสั่งของกรมวิชาการเกษตรในการอนุญาตให้มีการทดลองมะละกอจีเอ็มโอในไร่นา และลงโทษข้าราชการของกรมวิชาการเกษตรที่เกี่ยวข้องกับการแจกจ่ายเมล็ดพันธุ์มะละกอจีเอ็มโอ ซึ่งถือว่าผิดกฎหมายตามพ.ร.บ.กักพืช พ.ศ.2522 ให้กับเกษตรกรหลายจังหวัด
กรีนพีซยังเรียกร้องให้ศาลปกครองเพิกถอนคำสั่งของกรมวิชาการเกษตรที่อนุญาตให้มีการทดลองมะละกอจีเอ็มโอในระดับไร่นา และเพิกถอนการปลูกพืชจีเอ็มโอในระดับไร่นา รวมทั้งสั่งการให้จำเลยจัดการการปนเปื้อนของจีเอ็มโอในแปลงเกษตรกรต้องสงสัยทั้งหมด และกำหนดมาตรการเพื่อจำกัดและเฝ้าระวังการปนเปื้อนของมะละกอจีเอ็มโอที่ยังคงมีอยู่จนถึงปัจจุบัน
ทั้งนี้ กรณีดังกล่าวเริ่มต้นขึ้นตั้งแต่เดือนก.ค.2547 โดยกรีนพีซเป็นผู้ออกมาเปิดเผยข้อมูลการปนเปื้อนของมะละกอจีเอ็มโอในแปลงทดลองของศูนย์วิจัยพืชสวนจังหวัดขอนแก่น หลังจากนั้นองค์กรความหลากหลายทางชีวภาพและภูมิปัญญาไทย (ไบโอไทย) รวมทั้งคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติก็ได้ลงพื้นที่ตรวจสอบ โดยสุ่มตรวจตามบัญชีรายชื่อเกษตรกรที่ได้รับแจกจ่ายเมล็ดพันธ์มะละกอจากศูนย์วิจัยฯ แห่งนั้น ซึ่งพบมะละกอจีเอ็มโอในไร่นาเกษตรกรบางส่วนจริง จากนั้นกรมวิชาการเกษตรได้ตรวจสอบซ้ำและระบุว่าได้ทำลายมะละกอจีเอ็มโอทั้งหมดแล้ว แต่กรีนพีซยังคงพบการแพร่กระจาย มีการแถลงข่าวว่าพบการผสมข้ามสายพันธุ์ระหว่างมะละกอจีเอ็มโอและมะละทั่วไปในพื้นที่แล้ว
ภัสน์วจี ศรีสุวรรณ์ ผู้ประสานงานรณรงค์ด้านพันธุวิศวกรรม กรีนพีซ กล่าวว่า ตลอดสองปีที่ผ่านมา กรีนพีซพยายามทุกวิถีทางเพื่อผลักดันให้กรมวิชาการเกษตรยุติการปนเปื้อนมะละกอจีเอ็มโอ รวมทั้งยุติการทดลองพืชจีเอ็มโอทุกชนิดในไร่นา แต่หน่วยงานเหล่านี้กลับเพิกเฉยที่จะปกป้องผลประโยชน์สาธารณะตลอดมา กรีนพีซจึงดำเนินการผ่านกระบวนการทางกฎหมาย
เธอระบุด้วยว่า นี่เป็นครั้งแรกที่องค์กรด้านสิ่งแวดล้อมลุกขึ้นมาฟ้องร้องหน่วยงานรัฐ โดยอ้างว่าเป็นผู้เสียหาย เนื่องจากองค์กรก่อตั้งมาเพื่อปกป้องสิ่งแวดล้อมและการแพร่กระจายของมะละกอจีเอ็มโอกระทบต่อผลประโยชน์สาธารณะ นอกจากนี้มันจะเป็นบทเรียนให้กับหน่วยงานของรัฐทุกแห่งที่มีการทดลองจีเอ็มโอว่าต้องดำเนินการอย่างโปร่งใส และไม่ทำลายสิ่งแวดล้อม เพราะจีเอ็มโอเป็นภัยคุกคามต่อสุขภาพ สิ่งแวดล้อม และชีวิตของคนไทย
"โดยปกติคดีทางสิ่งแวดล้อม ชาวบ้านผู้เสียหายจะเป็นคนฟ้องร้องเอง แต่คราวนี้องค์กรด้านสิ่งแวดล้อมเป็นผู้ฟ้องหน่วยงานรัฐ โดยหยิบยกเรื่องประโยชน์สาธารณะ เราอยากรู้ว่าเราสามารถฟ้องหน่วยงานรัฐที่ละเมิดกฎหมายได้หรือไม่ เรื่องนี้จะเป็นบรรทัดฐานต่อไปในสังคม" ภัสน์วจี กล่าว
อนึ่ง ข้อกล่าวหาที่กรีนพีซยื่นฟ้องกรมวิชาการเกษตรฐานละเลยต่อการปฏิบัติหน้าที่ประกอบด้วย
- กรมวิชาการเกษตรอนุญาตให้มีการทดลองจีเอ็มโอในระดับไร่นา ซึ่งขัดต่อระเบียบที่บังคับใช้ในพระราชบัญญัติกักพืชที่ระบุว่า พืชจีเอ็มโอเป็นพืชต้องห้าม
- กรมวิชาการเกษตรเป็นแหล่งกำเนิดการแพร่กระจายมะละกอจีเอ็มโอผิดกฎหมาย โดยการทดลองมะละกอจีเอ็มโอในสภาพเปิด
- กรมวิชาการเกษตรล้มเหลวในการควบคุมการทดลองจีเอ็มโอของประเทศ
- กรมวิชาการเกษตรแจกจ่ายเมล็ดพันธุ์มะละกอปนเปื้อนจีเอ็มโอ ซึ่งเมื่อปี 2547 กรีนพีซตรวจพบว่า เจ้าหน้าที่ของศูนย์วิจัยพืชสวนขอนแก่นในสังกัดของกรมวิชาการเกษตรแจกจ่ายเมล็ดพันธุ์มะละกอปนเปื้อนจีเอ็มโอให้กับเกษตรกรที่รู้เท่าไม่ถึงการณ์ จนก่อให้เกิดการปนเปื้อนของจีเอ็มโอในวงกว้าง
โดยทางศาลปกครองจะใช้เวลาพิจารณารับเรื่องหรือไม่ภายใน 15 วันและสามารถขยายได้ถึง 30 วัน หากศาลปกครองไม่รับเรื่อง ผู้ร้องสามารถอุทธรณ์ต่อศาลปกครองสูงสุดต่อไป