นายสมชาย นีละไพจิตร ถูกบังคับให้สูญหาย เมื่อเวลาประมาณ 20.30 น.วันที่ 12 มีนาคม 2547 บนถนนรามคำแหง เยื้องกับสถานีตำรวจนครบาลหัวหมาก กรุงเทพมหานคร โดยเชื่อว่ามีมูลเหตุที่นายสมชายได้ร้องเรียนเรื่องการปฏิบัติหน้าที่ของเจ้าหน้าที่ตำรวจในการซ้อมทรมานผู้ถูกกล่าวหาซึ่งเป็นประชาชนในจังหวัดนราธิวาสในคดีปล้นปืน เผาโรงเรียน ทั้งนี้ศาลชั้นต้นได้อ่านคำพิพากษาในคดีความผิดต่อเสรีภาพ และปล้นทรัพย์ โดยมีพนักงานอัยการเป็นโจทก์ พ.ต.ต.เงิน ทองสุก จำเลยที่ 1 กับพวก คดีหมายเลขดำที่ 1952 / 2547 คดีหมายเลขแดงที่ อ. 48 / 2549 เมื่อวันที่ 12 มกราคม 2549 โดยมีความสรุปว่า

 

“.. ศาลพิเคราะห์พยานหลักฐานแล้ว โจทก์มีพยานเป็นพนักงานสอบสวน เบิกความสอดคล้องตรงกัน ทั้งเวลาและสถานที่ ทำให้เชื่อโดยปราศจากข้อสงสัยว่านายสมชายหายตัวไปจริง ส่วนการที่โจทก์นำข้อมูลการใช้โทรศัพท์เคลื่อนที่ของจำเลยทั้ง 5 ที่ติดต่อกันหลายครั้งในสถานที่ต่างๆ ในช่วงวันเวลาก่อนเกิดเหตุและในวันเกิดเหตุที่นายสมชายหายตัวไป ศาลเห็นว่ายังมีข้อสงสัยในเอกสารหลักฐานการใช้โทรศัพท์ เนื่องจากโจทก์ไม่ได้นำ ผู้ช่วยผู้บัญชาการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ (ผช.ผบ.ตร.) และ รองผู้บัญชาการตำรวจนครบาล (ผบ.บชน.)ที่อ้างว่าเป็นผู้ประสานขอเอกสารดังกล่าว จากบริษัทโทรศัพท์เคลื่อนที่มาเบิกความยืนยันในชั้นศาล”

 

“... ข้อเท็จจริงจึงรับฟังได้โดยยุติและปรศจากข้อสงสัยว่า ตามวัน เวลา และสถานที่เกิดเหตุตามฟ้อง จำเลยที่ 1 กับพวกรวม 3-5 คนได้ร่วมกันจับตัวนายสมชาย นีละไพจิตร เข้าไปในรถที่จำเลยที่ 1 กับพวกเตรียมมา โดยที่นายสมชาย นีละไพจิตร ไม่ยินยอมแล้วขับออกไปจากที่เกิดเหตุ...”

 

“ .. ศาลพิเคราะห์แล้วเห็นว่า พ.ต.ต.เงินกระทำผิด ฐานทำร้ายร่างกายผู้อื่น ตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 319 วรรค 1 และร่วมกันข่มขืนใจผู้อื่น ให้กระทำการใด หรือไม่กระทำการใด โดยใช้กำลังประทุษร้าย ตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 309 วรรค 2 ให้ลงโทษในบทหนักสุด ฐานกักขังหน่วงเหนี่ยวเป็นเวลา 3 ปี ส่วนจำเลยที่ 2-5 ให้ยกฟ้อง เนื่องจากไม่มีพยานหลักฐาน ในการกระทำผิดตามฟ้อง”

 

 

นายสมชาย นีละไพจิตร ถูกบังคับให้สูญหายในขณะที่ พ.ต.ท.ทักษิณ ชิณวัตร ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรี แม้ดูเหมือนว่ารัฐบาลขณะนั้นพยายามคลี่คลายคดี โดยการตั้งข้อกล่าวหาเจ้าหน้าที่ตำรวจ 5 นาย ข้อหากักขังหน่วงเหนี่ยว และปล้นทรัพย์ แต่เมื่อคดีถูกนำขึ้นสู่การพิจารณาของศาล กลับพบข้อเท็จจริงที่ปรากฎว่า พยานหลักฐานต่างๆในคดีถูกทำลายจนไม่มีน้ำหนักเพียงพอที่จะสามารถนำมาใช้เพื่อประกอบในการนำผู้กระทำผิดมาลงโทษได้ อีกทั้งการที่จำเลยซึ่งเป็นเจ้าหน้าที่ตำรวจได้รับการประกันตัวระหว่างการพิจารณาคดี เป็นสาเหตุที่ทำให้พยานเกิดความหวาดกลัวจากการถูกคุกคาม และพยานบางคนกลับคำให้การในชั้นศาล 

 

พบว่าที่ผ่านมารัฐบาลไม่มีความเต็มใจ (unwilling) ในการคลี่คลายคดีการสูญหายของนายสมชาย นีละไพจิตร อีกทั้งยังแสดงให้เห็นถึงการแทรกแซงการสืบสวน สอบสวนจากฝ่ายการเมืองมาโดยตลอด แม้ปัจจุบันคดีการเสียชีวิตของนายสมชาย อยู่ในความรับผิดชอบของกรมสอบสวนคดีพิเศษ และตามพระราชบัญญัติกรมสอบสวนคดีพิเศษ จะให้อิสระและให้อำนาจแก่พนักงานสอบสวนกรมสอบสวนคดีพิเศษ ในการทำหน้าที่กรณีประชาชนไม่ได้รับความเป็นธรรมจากการปฏิบัติของเจ้าหน้าที่รัฐ และผู้มีอิทธิพล แต่ที่ผ่านมาจนปัจจุบันกรมสอบสวนคดีพิเศษก็ประสบความล้มเหลวในการคลี่คลายคดีการฆาตกรรมนายสมชาย นีละไพจิตร และพิสูจน์ให้เห็นว่าไม่สามารถทำหน้าที่ได้ตามที่สังคมคาดหวัง 

 

ในส่วนการพิจารณาของ ปปช.เป็นไปอย่างล่าช้าอย่างยิ่ง เมื่อเทียบกับคดีอื่นที่ ปปช. รับไว้พิจารณา ซึ่งบางคดีมีการตัดสินชี้มูลอย่างรวดเร็ว ความล่าช้าของ ปปช. จึงส่งผลกระทบอย่างสูงต่อความปลอดภัยของพยานทุกคนในคดี โดยเฉพาะการที่พยานสำคัญคนหนึ่งได้หายตัวไปภายใต้การคุ้มครองพยานของกรมสอบสวนคดีพิเศษ ระหว่างรอการให้การในชั้นศาล เมื่อวันที่ 11 ธันวาคม 2552 ระหว่างการกลับไปเยี่ยมบ้านที่จังหวัดนราธิวาส ในขณะที่พยานอีกคนหนึ่งถูกเจ้าหน้าที่ตำรวจระดับสูงฟ้องร้องต่อศาลอาญากรุงเทพฯ ในข้อหาให้การเท็จเรื่องการถูกซ้อมทรมานต่อ ปปช.

 

นอกจากการสูญหายของพยานสำคัญในคดีแล้ว ยังปรากฏการสูญหายของจำเลยที่ 1 คือ พ.ต.ต.เงิน ทองสุก ดังปรากฏตามข่าวสารตามสื่อมวลชน ว่า พ.ต.ต.เงิน ได้พลัดตกน้ำหายไปเมื่อวันที่ 19 กันยายน 2551