คณะกรรมการ ป.ป.ช.พิจารณาแล้วเห็นว่า การที่ผู้ถูกกล่าวหาดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีและอยู่ในฐานะหัวหน้ารัฐบาลซึ่งได้กำหนดนโยบายจำนำข้าวมาตั้งแต่ต้น และในฐานะประธานคณะกรรมการนโยบายข้าวแห่งชาติ ที่มีอำนาจหน้าที่ในการกำหนดนโยบายและการมีส่วนร่วมในการบริหารโครงการ ซึ่ง ป.ป.ช.ได้ทำหนังสือแจ้งไปยังผู้ถูกกล่าวหาถึงสองครั้งแล้วว่าโครงการดังกล่าวจะก่อให้เกิดปัญหาและความเสียหายอย่างยิ่ง ทั้งจะก่อให้เกิดการทุจริตในทุกขั้นตอนของกระบวนการรับจำนำ 

 

นอกจากนี้ผู้ถูกกล่าวหายังรับทราบปัญหาในการดำเนินโครงการจากการอภิปรายในสภาผู้แทนราษฎร รวมทั้งรายงานผลการดำเนินโครงการที่ผ่านมา ว่ามีผลขาดทุนสะสมสูงถึงสามแสนกว่าล้านบาท อีกทั้งหนังสือของสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินแจ้งผลการตรวจสอบโครงการสรุปได้ว่าโครงการมีจุดอ่อนหรือความเสี่ยงในทุกขั้นตอน ตั้งแต่การขึ้นทะเบียนเกษตรกรจรถึงการระบายข้าว ซึ่งเป็นช่องทางนำไปสู่การสวมสิทธิ์การจำนำและการทุจริตในโครงการ เกิดผลกระทบสร้างความเสียหายต่อเงินงบประมาณแผ่นดินและเสี่ยงต่อระบบการคลังของประเทศ ไม่เกิดการพัฒนาที่ยั่งยืน 

 

แม้ในชั้นนี้พยานหลักฐานยังไม่ปรากฏชัดเจนว่าผู้ถูกกล่าวหามีส่วนร่วมในการทุจริตหรือสมยอมให้เกิดการทุจริตหรือไม่ก็ตาม แต่การที่ผู้ถูกกล่าวหาไม่บริหารราชการแผ่นดินให้เป็นไปตามนโยบายที่แถลงไว้ต่อสภาฯ ว่าจะป้องกันและปราบปรามการทุจริตและประพฤติมิชอบในภาครัฐอย่างจริงจัง โดยยึดหลักความโปร่งใสและมีธรรมาภิบาลของการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี ทั้งไม่พิจารณาระงับยับยั้งโครงการตั้งแต่เริ่มรับทราบความเสียหายอันร้ายแรงที่สุดของประเทศจากการดำเนินโครงการ จึงมีมติ 7 ต่อ 0 ว่าพฤติการณ์ของผู้ถูกกล่าวหาเป็นการส่อว่าจงใจใช้อำนาจหน้าที่ขัดต่อบทบัญญัติแห่งรัฐธรรมนูญ มาตรา 178 และส่อว่าจงใจใช้อำนาจหน้าที่ขัดต่อบทบัญญัติแห่งกฎหมายตาม พ.ร.บ.ระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน มาตรา 11 (1) อันเป็นเหตุแห่งการถอดถอนผู้ถูกกล่าวหาออกจากตำแหน่งตามรัฐธรรมนูญ มาตรา 270 จึงให้แยกสำนวนการถอดถอนส่งไปยังวุฒิสภา เพื่อดำเนินการตามอำนาจหน้าที่ต่อไป ส่วนคดีอาญานั้น ที่ประชุมมีมติให้ดำเนินการไต่สวนข้อเท็จจริงต่อไปจนกว่าจะสิ้นกระแสความ ทั้งนี้โดยไม่ตัดพยานที่ผู้ถูกกล่าวหาอ้างมาในคำร้องขอนำสืบแก้ข้อกล่าวหาหลังสุด โดยให้นำไปพิจารณาในสำนวนคดีอาญาต่อไป