1. การเปลี่ยนแปลงด้านอุทกวิทยาและชลศาสตร์ (ระดับน้ำขึ้น-ลงอย่างฉับพลันและช่วงเวลา) ที่ไม่เป็นไปตามฤดูกาล ซึ่งส่งผลกระทบต่อวิถีชีวิตของคนท้ายน้ำด้านการประมง การเกษตรริมฝั่ง การท่องเที่ยว ภาวะน้ำแล้งและน้ำท่วมโดยฉับพลัน ตลอดจนการเปลี่ยนแปลงทางกายภาพและสัณฐานของตัวลำน้ำและตลิ่งแม่น้ำโขง

2. มีความห่วงกังวลต่อการลดลงของตะกอนและสารอาหารที่มีผลต่อระบบนิเวศและธรณีสัณฐานและส่งผลกระทบโดยตรงต่อแม่น้ำโขงสายประธาน ห่วงโซ่อาหารตามธรรมชาติและความมั่นคงด้านอาหาร

3. การเปลี่ยนแปลงด้านการให้บริการของระบบนิเวศ  ข้อกังวลต่อการเปลี่ยนแปลงคุณภาพน้ำ โดยเฉพาะอย่างยิ่งปรากฎการณ์แม่น้ำเปลี่ยนสี จึงต้องศึกษาหาปัจจัยและสาเหตุหลักมาจากอะไร รวมทั้งต้องการทราบข้อมูลการกำหนดแนวทางและมาตรการในการแก้ไขปัญหาอย่างเร่งด่วน ข้อเสนอเกี่ยวกับการศึกษาเพิ่มเติมและติดตามผลกระทบข้ามพรมแดน และผลกระทบสะสมต่อระบบนิเวศลุ่มน้ำจากการบริหารจัดการโครงการเขื่อนขั้นบันไดอย่างเป็นระบบและครอบคลุมตลอดช่วงลำน้ำ

4. ด้านการประมงและทางปลาผ่าน มีข้อกังวลอย่างมากต่อโครงสร้างทางปลาผ่านและการบริหารจัดการเขื่อนแบบขั้นบันไดว่าจะสามารถเอื้อต่อการอพยพขึ้น-ลงของปลาตามฤดูกาลหรือไม่ ซึ่งจะส่งผลต่อปริมาณการทดแทนของปลา ทำให้ปริมาณ ชนิดพันธุ์ ขนาดและความหลากหลายของพันธุ์ปลาลดลงและเป็นภัยคุกคามต่อความมั่นคงทางอาหารในประเทศไทยและอนุภูมิภาคแม่น้ำโขงโดยรวม มีข้อเสนอให้มีการดำเนินงานถอดบทเรียนด้านประสิทธิภาพและประสิทธิผลการปฏิบัติทางปลาผ่านของโครงการไฟฟ้าพลังน้ำเขื่อนไซยะบุรีเพื่อปรับแบบทางปลาผ่านของโครงการเขื่อนหลวงพระบาง

5. มีข้อเสนอให้ศึกษาวิเคราะห์ด้านเศรษฐกิจและสังคมเกี่ยวกับผลกระทบข้ามพรมแดนและผลกระทบสะสมเพิ่มเติมในพื้นที่ท้ายน้ำที่มีผลกระทบจ่อประชาชนและชุมชนในประเทศท้ายน้ำและกำหนดมาตราการและแผนการปรับตัวของชุมชนที่ชัดเจนต่อผลกระทบที่เกิดขึ้น

6. การแลกเปลี่ยนข้อมูล โดยเสนอให้มีการจัดตั้งกลไกการแลกเปลี่ยนข้อมูล ข่าวสาร การเปิดเผยข้อมูลและการติดตามผลกระทบในช่วงการก่อสร้างและระหว่างการปฏิบัติการของเขื่อนแบบขั้นบันได เพื่อให้ทราบถึงสภาพและการเปลี่ยนแปลงด้านทุกวิทยาและชลศาสตร์ รวมทั้งมาตรการการสื่อสารที่จำเป็นระหว่างการก่อสร้างและในช่วงการผลิตไฟฟ้าเพื่อลดผลกระทบข้ามพรมแดนและผลกระทบสะสมที่อาจจะเกิดขึ้นได้อย่างมีประสิทธิภาพ ได้แก่ แผนการเตรียมความพร้อมฉุกเฉิน (Emergency Preparendness Plan) ที่มีการสื่อสารกับพื้นที่ทางด้านท้ายน้ำ

7. มาตราการเยียวยาผลและบรรเทาผลกระทบ โดยมีข้อเสนอให้สปป.ลาวและผู้พัฒนาโครงการฯ จัดตั้งกองทุนชดเชย (Endownment Fund) กำหนดมาตรการบรรเทาผลกระทบข้ามพรมแดนในด้านเศรษฐกิจ สังคม/ชีวิตและสิ่งแวดล้อมอย่างชัดเจน และสอดคล้องกับข้อกำหนดตามมาตรา 7 การป้องกันและการหยุดยั้งผลกระทบที่เป็นอันตราย และความรับผิดชอบของรัฐต่อความเสียหาย ตามความตกลงว่าด้วยความร่วมมือเพื่อการพัฒนาลุ่มแม่น้ำโขงอย่างยั่งยืน พ.ศ.2538

8. คือการถอดบทเรียนโครงการไฟฟ้าพลังน้ำที่ผ่านมา เนื่องจากมีประเด็นข้อห่วงกังวลจากกระบวนการ PNPCA ของโครงการไฟฟ้าพลังน้ำที่ผานมายังไม่สามารถประเมินผลกระทบได้อย่างชัดเจน และยังไม่มีการถอดบทเรียนจากการดำเนินงานของโครงการไฟฟ้าพลังน้ำเขื่อนไซยะบุรี ที่ได้ดำเนินการแล้วอย่างเป็นรูปธรรมก่อนที่จะเริ่มกระบวนการ PNPCA ของโครงการใหม่