เมื่อวันที่ 21 กันยายน 2548 ที่ศาลอาญา มีการสืบพยานโจทก์คดีอุ้มนายสมชาย นีละไพจิตร อดีตประธานชมรมนักกฎหมายมุสลิม โดยอัยการ นำพ.ต.ต.ทินกร เกษรบัว สารวัตรสืบสวนสอบสวน (สว.สส.) สน.ดอนเมือง เบิกความเล่าขั้นตอนการสืบสวน โดยสรุปความว่า พยานเกี่ยวข้องในคดีนี้เนื่องจาก พล.ต.ต.กฤษฎา พันธุ์คงชื่น รองผู้บัญชาการตำรวจนครบาล (รอง ผบช.น.) ซึ่งควบคุมปฏิบัติการฝ่ายสืบสวน ได้สั่งการให้พยานสืบสวนอ่านผลและวิเคราะห์จุดพิกัดการใช้โทรศัพท์ของกลุ่มบุคคล

โดยหลังจากที่กองบังคับการตำรวจนครบาล (บก.น.) 4 และ 8 ซึ่งเป็นฝ่ายสืบสวนสอบสวนหาพยานที่เห็นเหตุการณ์ในวันที่ 12 มี.ค.47 ได้รับทราบข้อมูลว่าที่เกิดเหตุ น.ส.ฉวีวรรณ โทรศัพท์แจ้ง 191 ว่าเห็นเหตุการณ์ซึ่ง น.ส.ฉวีวรรณ ยืนยันว่า พ.ต.ต.เงิน คล้ายกับชายที่ผลักหลังนายสมชายให้เข้าไปในรถยนต์

พ.ต.ต.ทินกร เบิกความว่า ขณะเดียวกันนั้นการข่าวของฝ่ายสืบสวนมีข้อมูลที่ พ.ต.ท.ชาญชัย ลิขิตคันธศร สารวัตรกองปราบปราม ได้เล่าให้ พ.ต.อ.ทวี สอดส่อง ซึ่งเคยผู้บังคับบัญชาที่ภายหลังย้ายไปกรมสอบสวนคดีพิเศษฟังว่า ก่อนเกิดเหตุ พ.ต.ท.ชาญชัย ลิขิตคันธศร สารวัตรกองปราบปราม ได้พบกับกลุ่มบุคคลที่รู้จักกันที่หน้ากองปราบฯ ซึ่ง พ.ต.ท.ชาญชัย ได้สอบถามกลุ่มคนนั้นว่ามาทำอะไรกัน กลุ่มบุคคลตอบว่า จะไปอุ้มทนายโจร

ต่อมาจึงได้มีการนำข้อมูลดังกล่าวเล่าให้ พล.ต.ต.กฤษฎา รอง ผบช.น. ฟัง ซึ่ง พล.ต.ต.กฤษฎาได้สั่งการให้พยานร่วมงานคดีที่จะอ่านผลการใช้โทรศัพท์โดยใช้โปรแกรมคอมพิวเตอร์วิเคราะห์ผล ซึ่งพยานเคยร่วมงานกับ พล.ต.ต.กฤษฎาในคดีที่เกี่ยวกับเทคโนโลยีมาแล้วหลายครั้ง

พ.ต.ต.ทินกร เบิกความด้วยว่า แนวทางการสืบสวนขณะนั้นมีข้อมูลระบุถึงมูลเหตุจูงใจการอุ้มนายสมชายว่า เกี่ยวข้องกับกรณีนายสมชายให้ความช่วยเหลือผู้ต้องหาคดีปล้นปืน-เผาโรงเรียนที่ถูกตำรวจซ้อม โดยยื่นเรื่องร้องเรียนต่อ พล.ต.อ.สันต์ ศรุตานนท์ ผบ.ตร.ในขณะนั้น และกรณีที่นายสมชายยื่นคำร้องต่อศาลขอให้ย้ายผู้ต้องหาที่ถูกควบคุมที่สันติบาลไปยังเรือนจำ และจากการสืบสวนทราบว่า พ.ต.ต.เงิน (จำเลยที่ 1) เข้าไปเกี่ยวข้องด้วย ซึ่ง พ.ต.ท.วรรณพงษ์ คชรักษ์ รองผู้กำกับการ 3 กองปราบปราม (ผกก.3 ป.) ได้เสนอข้อมูลเรื่องดังกล่าวแก่ พล.ต.ต.กฤษฎา โดยมีการยันยืนข้อมูลจากกรมสอบสวนคดีพิเศษที่ พ.ต.ต.ชาญชัยเล่าเรื่องเจอกลุ่มบุคคลที่หน้ากองปราบฯ

ทั้งนี้ จากตรวจสอบหมายเลขโทรศัพท์บุคคลที่เกี่ยวข้อง พบว่า มีหมายเลขจดทะเบียนของจำเลยทั้ง 5 คนด้วย โดยผลการวิเคราะห์การใช้โทร.เข้า-ออก และจุดพิกัดการใช้โทรศัพท์ของจำเลยทั้งห้าพบว่า วันเกิดเหตุที่ 12 มี.ค.47 หมายเลขโทรศัพท์ของ พ.ต.ท.สินชัย นิ่มปุญญากำพงษ์ (จำเลยที่ 2) โทร.เข้าเครื่องของ พ.ต.ต.เงิน (จำเลยที่ 1), จ.ส.ต.ชัยเวง พาด้วง (จำเลยที่ 3),ส.ต.อ.รันดร สิทธิเขต (จำเลยที่ 4) และ พ.ต.ท.ชัชชัย เลี่ยมสงวน (จำเลยที่ 5) ตั้งแต่ช่วงเวลา 07.33 น.

และเมื่อเปรียบเทียบการโทร.เข้า-ออกระหว่างจำเลยทั้ง 5 คนในช่วงวันที่ 6-10 มี.ค.47 ปรากฏว่ามีจำนวนน้อยครั้งการโทร.ในวันที่ 12 มี.ค. ที่มีมากประมาณ 75 ครั้ง และเมื่อได้นำผลตรวจสอบจุดพิกัดการใช้โทรศัพท์ของจำเลยทั้งห้า มาเทียบเคียงกับการใช้โทรศัพท์ของนายสมชายทำให้พบว่า มีความสอดคล้องกับข้อมูลสถานที่อยู่ ซึ่งฝ่ายสอบสวนได้ข้อมูลจากพยานที่เกี่ยวข้อง

โดยผลวิเคราะห์จุดพิกัดโทรศัพท์สามารถระบุได้ว่า กลุ่มบุคคลที่ถือโทรศัพท์ตามที่ตรวจสอบนั้นได้ติดตามนายสมชายตั้งแต่ช่วงเช้า ที่ ซ.รัชดาภิเษก 32 ไปขึ้นทางด่วนประชานุกูล แล้วต่อไปที่ศาลแพ่งกรุงเทพใต้ กระทั่งย้อนกลับมาที่ ซ.รัชดาภิเษก 32 อีกครั้ง แล้วไปสิ้นสุดที่อาคารเอฟบีที คอมเพล็กซ์ ซ.รามคำแหง 65 ที่ยุติเมื่อเวลา 20.30 น.

ผู้สื่อข่าวรายงานว่า ขณะที่อัยการนำพยานผู้เชี่ยวชาญการแกะรอยโทรศัพท์มาเบิกความ พร้อมอ้างส่งรายงานบันทึกรายละเอียดหมายเลขโทรศัพท์ต่อศาล ปรากฏว่าทนายความจำเลยได้ยื่นคำร้องต่อศาลคัดค้านการรับฟังพยานหลักฐานซึ่งเป็นบันทึกหมายเลขโทรศัพท์ที่ได้จากบริษัทผู้ให้การบริการต่างๆ ด้วย โดยศาลได้รับคำร้องไว้แต่ยังไม่ได้มีคำสั่งใดๆ