พล.อ.อนุพงษ์ เผ่าจินดา รัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย วินิจฉัยยกคำร้องอุทธณ์ของแอมเนสตี้ กรณีนายทะเบียนสมาคม กทม. ไม่รับจดทะเบียนแต่งตั้งกรรมการแอมเนสตี้ชุดใหม่ อ้างเนติวิทย์มีพฤติกรรมไม่เหมาะสมขัดต่อความสงบเรียบร้อยและความั่นคงของประเทศ แม้ที่ประชุมแอมเนสตี้ ประเทศไทย จะมติเลือกมาแล้วก็ตาม 

25 ก.ย. 2562 ผู้สื่อข่าวรายงานว่า มีหนังสือจากกรมการปกครอง ถึง พรเพ็ญ คงขจรเกียรติ ลงเมื่อวันที่ 23 ก.ย. โดยเป็นหนังสือแจ้งให้ทรายถึงผลการยื่นขออุทธรณ์คำสั่งนายทะเบียนสมาคมกรุงเทพมหานคร ที่ไม่รับจดทะเบียนการแต่งตั้งคณะกรรมการชุดใหม่ซึ่งมีรายชื่อของ เนติวิทย์ โชติภัทร์ไพศาล เป็นกรรมการเยาวชน

เรื่องดังกล่าวสืบเนืองจากเมื่อวันที่ 10 มิ.ย. 2561 ในการประชุมมสามัญประจำปีของสมาคมแอมเนสตี้ อินเตอร์เนชั่นแนล ประเทศไทย ได้มีมติเลือก ปริญญา บุญฤทธิ์ฤทัยกุล ให้ ดำรงตำแหน่ง นายกสมาคม และมีมติเลือกเนติวิทย์ โชติภัทร์ไพศาล ให้ดำรงตำแหน่ง กรรมการเยาวชน  คณะกรรมการสมาคมฯ ซึ่งตามกฎหมายแล้วการเปลี่ยนแปลงคณะกรรมการสมาคมฯ ในเขตพื้นที่กรุงเทพฯ นั้นจะต้องยื่นให้นายทะเบียนสมาคมกรุงเทพมหานคร รับการจดทะเบียนคณะกรรมการฯ

ทว่าเมื่อวันที่  26 พ.ย. 2561 ทะเบียนสมาคมกรุงเทพมหานคร มีคำสั่งไม่รับจดทะเบียนกรรมการ 1 รายคือ เนติวิทย์ โดยให้เหตุผลว่า มีพฤติกรรมที่ไม่เหมาะสมหรือขัดต่อ คุณสมบัติการดำรงตำแหน่งของสมาคม ต่อมาคณะกรรมการสมาคมแอมเนสตี้ได้ปรึกษาหารือกันในประเด็นดังกล่าว แล้วเห็นว่าเนติวิทย์ มีคุณสมบัติและไม่มีลักษณะต้องห้ามที่จะดำรงำแหน่ง กรรมการเยาวชน แต่อย่างใด จึงได้อุทธรณ์คำสั่งนายทะเบียนสมาคมกรุงเทพมหานครต่อรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย เมื่อวันที่ 12 ธ.ค. 2561

โดยมีเรื่องขออุทธณ์ 4 กรณีคือ กรณีแรก การที่นายทะเบียนสมาคมกรุงเทพฯ มีคำสั่งไม่รับจดทะเบียนการแต่งตั้งคณะกรรมการฯ ชุดใหม่นั้น ไม่มีการเปิดโอกาสให้ผู้ส่วนได้ส่วนเสียชี้แจงข้อเท็จจริงแต่อย่างใด เป็นการใช้ดุลพินิจโดยมิชอบด้วยกฎหมาย กรณีที่สอง การที่นายทะเบียนไม่รับจดทะเบียนแต่งตั้งคณะกรรมการฯ นั้นมีการอ้างว่า เนติวิทย์ มีพฤติกรรมไม่เหมาะสม ขัดต่อความสงบเรียบร้อยและความั่นคงของประเทศ เป็นการใช้ดุลพินิจที่ชอบด้วยกฎหมายหรือไม่ กรณีที่สาม การที่นายทะเบียนเห็นว่า เนติวิทย์ มีพฤติกรรมการไม่เหมาะสมนั้น แต่ไม่รับจดทะเบียนคณะกรรมการชุดใหม่ทั้งหมดทั้งที่มีคุณสมบัติครบถ้วน  ถือเป็นคำสั่งที่ไม่ชอบด้วยกฎหมายหรือไม่ และกรณีที่สี่ นายทะเบียนใช้เวลาพิจารณาการจดทะเบียนไม่เป็นไปตาม พ.ร.บ.อำนวยความสะดวกในการพิจารณาอนุญาตของทางราชการ พ.ศ. 2558 และพิจารณาโดยใช้เวลาเกินกรอบระยะเวลาที่กฎหมายกำหนด

อย่างไรก็ตามในหนังตอบกลับ ได้ระบุว่า กรมการปกครอง ได้พิจารณาคำร้องอุทธรณ์ และนำเรียนรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย ซึ่งเป็นผู้มีอำนาจวิจฉัยอุทธรณ์ โดยรัฐมตรีฯ ไดพิจารณาวินิจฉัย ยกอุทธรณ์ พร้อมระบุด้วยว่า หากผู้อุทธรณ์ไม่เห็นด้วยกับคำวินิจฉัยยกอุทธรณ์นี้ สามารถใช้สิทธิในการฟ้องดำเนินคดีต่อศาลปกครองภายใน 90 นับแต่วันที่ได้รับหนังสือ